PDB-6faq: Structure of H. salinarum RosR (vng0258) grown from KBr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6faq

タイトル

Structure of H. salinarum RosR (vng0258) grown from KBr

要素

DNA binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / BROMIDE ION / PadR family transcription regulator RosR

機能・相同性情報

生物種

Halobacterium salinarum (好塩性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Shaanan, B. / Kutnowski, N.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: The 3-D structure of VNG0258H/RosR - A haloarchaeal DNA-binding protein in its ionic shell.
著者: Kutnowski, N. / Shmuely, H. / Dahan, I. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.

履歴

登録	2017年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6faq.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6faq.ent.gz	117.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6faq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6faq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6faq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ez1C 6f5cC 6fdhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fdh-d 6f5c-d 2132 1nq1-d 3u5p-1 5hx9-d 3zqc-2 1y0x-d 6ni1-1 1r6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA binding protein

B: DNA binding protein

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, Dimer in solution according to gel filtration and SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.149, 76.406, 42.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.472, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	DNA binding protein 分子量: 14554.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Halobacterium salinarum NRC-1 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性) 遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HSF4
#2: 化合物	... ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 % / 解説: Monoclinic
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: KBR, MES, AMMONIUM SULFATE, PH 6.8, EVAPORATION, TEMPERATURE 298K PH範囲: 6-7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.91508 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日 / 詳細: Monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91508 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→39.69 Å / Num. obs: 33425 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/av σ(I): 5.4 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.85 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 5717 / CC_1/2: 0.797 / R_pim(I) all: 0.73 / R_rim(I) all: 0.88 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8	精密化
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD DERIVED MODEL IN NACL

解像度: 1.95→38.2 Å / SU ML: 0.2862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.9923
詳細: RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELY DISORDERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2358	1527	4.59 %	Random
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.1908	33245	93.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1766	0	27	190	1983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3558	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0319	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4519	1108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.01	0.3453	185	0.3176	3052	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.01-2.08	0.275	136	0.2402	3053	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.08-2.17	0.253	148	0.2305	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.26	0.2815	74	0.2298	1532	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.26-2.38	0.2582	97	0.2158	2637	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.38-2.53	0.2567	151	0.2029	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.53-2.73	0.2466	155	0.2044	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.73-3	0.2702	118	0.204	3126	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3-3.44	0.2355	166	0.1849	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.44-4.33	0.204	171	0.154	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.34
4.33-38.21	0.2082	126	0.1611	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.01343641884	-0.324669125288	3.5094485595	2.66541695568	1.86900952946	3.6367473258	0.0505140452327	0.627231547285	0.675865522995	-0.367284279293	0.161352946604	-0.0808904868245	-1.51641570137	1.51415444621	-0.285572253548	0.489689894138	-0.0835252983425	0.0566578163819	0.364445704484	0.00451675935667	0.30571397794	18.7467013963	26.6617155076	31.6843139796
2	3.08039182786	0.961339659227	3.36895577252	4.90433779918	-0.159141774832	4.57847300631	-0.0849623935338	-0.324384453152	0.139308343883	0.122263073887	0.170374575722	0.432429836629	-0.516531268688	-0.586817627904	-0.134996448438	0.291322376458	0.0571183772179	0.00030363600559	0.250337968244	0.0206968723301	0.234275174004	7.92272138261	27.0768804504	41.634371323
3	2.67767173878	-2.50495183886	-1.5211075418	7.48136772053	-0.183420847933	2.2997041706	-0.271680864186	-0.225406511933	-0.181681608276	0.653418662	0.438166820933	0.332605515049	-0.0201218043721	-0.131283913187	-0.193409722823	0.261054065126	0.00554837969985	0.0161937920133	0.230709672599	0.0298834212814	0.240051055175	11.2225318019	19.6418663528	45.8050621447
4	3.05348789166	2.46865908356	-0.323998449451	7.07287874942	-3.47690522407	2.36745063291	0.17515405784	-0.638976191751	0.101248638813	0.81301523467	-0.125510954631	-0.379880332838	-0.0799692925698	0.816623885272	-0.0294689335928	0.379303436958	-0.0053191184485	0.04645624533	0.575266591016	-0.0881814376671	0.333607752204	19.4725548957	24.3955380485	47.56608462
5	5.33250565379	3.00922923475	-4.50246011891	7.72666441822	-5.57500731749	5.32962158469	-0.130481474026	-1.12431686458	0.828925000659	0.808011132916	-0.0445653029483	-0.587631913859	-1.21152218226	1.00271980317	0.297115334523	0.486441005287	-0.0794719950495	-0.00381158529805	0.300248773659	-0.0047806764513	0.370238838852	18.509606858	34.9376940983	39.2692599114
6	6.49196593379	-0.836788310997	-2.25966950208	4.90109906648	2.01687144608	2.04420990878	0.114161222323	-0.886444778365	0.613282400604	0.373461873074	-0.163605695787	-0.0811620674961	-0.455268930616	-0.0816094793908	0.0476994351514	0.580546292451	0.0046795589271	0.0156588394845	0.382356407083	-0.0545225635563	0.365907492292	9.99547947365	37.4551045058	47.7558898564
7	5.75892686001	-1.14009085903	-0.547750618051	3.71388130506	3.48388310525	3.30060452093	0.0329430627222	0.858018912459	0.675016326485	-0.6271055813	0.0567368177301	-0.0861516735738	-1.93701286143	-0.16890177134	-0.167453484597	0.561240494455	0.0400613625567	-0.0312079025811	0.291572153316	0.0686976733703	0.292076864227	8.29683712858	32.3151071351	30.1774631918
8	5.26854742005	0.215573631513	-0.641409097307	3.1902569277	0.467415941229	3.21789670518	0.106837884052	-0.208839370701	-0.285445756534	0.107827694175	-0.100550897623	0.0267038283361	0.0181711085921	-0.353109658329	0.00661743709173	0.178994739775	-0.0070464894619	-0.0491592932543	0.327340155841	0.0223803084626	0.235427260912	1.5608435713	14.8295780638	25.1271208483
9	2.81083317885	0.331877411651	-3.08560465071	3.65410409769	1.99918887298	4.93535492635	-0.305194493638	-1.19658951791	-0.74012066909	0.656550549353	-0.525211306441	-0.219288025542	0.601953758263	0.521072464318	0.827959447722	0.292716435039	-0.00614740547069	0.0457158672761	0.394036479799	0.0701304598914	0.271619789378	19.6575230508	14.0835732086	34.1286542171
10	6.36733414436	-0.270718336261	0.175363706844	6.81269844211	-1.16207202987	1.27324068645	0.114290984524	0.259439290327	-0.211713195348	-0.394285722676	-0.111186448518	0.61438871751	-0.103584228468	-0.681002070704	-0.0640120972824	0.198118718088	0.00654280873411	-0.023974521031	0.262366484739	0.0106988645059	0.252996217957	17.0227008306	11.7652216729	20.3260138234
11	1.14586719843	-1.59814706908	-1.03548138129	7.20443749721	2.62094338388	3.00786067374	0.294725481235	0.115371298511	0.0143818498758	-0.787415416474	-0.185646033772	0.11774945204	-0.598834113951	-0.0685488449354	-0.120370386496	0.277232920266	-0.0164540122573	0.0038283734174	0.264484219898	-0.0038955227912	0.21131167624	21.5895849231	19.4485410094	17.3060605754
12	2.86018710355	0.586304930629	0.196328841478	2.07747492335	-1.4835152057	4.55306943958	0.0540043815824	0.148989610313	0.180055619606	-0.0994807599391	-0.392466444482	-0.507136939313	-0.330593154374	0.362864619825	0.256788171843	0.223503729082	-0.0315381173536	-0.0438162878472	0.367686434867	-0.0219166730518	0.308183133791	29.141297299	16.8279293018	22.5649059146
13	6.3250746525	-2.51654435345	-3.204480628	5.69325432396	-0.583933449709	2.39292762606	-0.194735519118	-0.189844458482	-0.497473104033	-0.150325995722	0.0920860705273	-0.405947338457	0.477106906278	0.815147010211	0.128272620107	0.25158058829	0.0311249962128	-0.0232985906293	0.303365446205	0.0432149207611	0.400378163725	23.8996583493	4.3968707334	26.9153874895
14	2.42721161499	-0.218596348493	-2.57671617827	0.878026756817	-0.741565490305	3.83253506879	1.05942638021	0.732480510769	0.20809361738	-0.563014943172	-0.294124010546	-0.624082949895	-0.731297544551	0.901824449116	-0.65669857135	0.967887000143	0.0063297606506	0.310235391055	1.19180318578	-0.367956617197	1.14477252253	31.4145791917	2.34344826457	11.8492883488
15	6.38464306489	-0.134299199085	-1.22962095146	5.41328861297	0.149577904985	5.58061409808	-0.297003566272	-0.600603875072	-0.703856759619	0.206044009284	0.0942109406456	-0.222903002357	0.768423132185	0.580288219548	0.197888066309	0.190536463294	0.00520359733983	-0.0696344164606	0.231986762344	0.027774774512	0.318397813798	16.1552628048	5.7625252091	25.4519572556
16	2.52136809981	1.20471673508	1.59857306159	3.71843023927	0.849196998977	5.32837079754	0.126425811823	0.253423530147	0.162293106059	-0.185995258746	-0.015453548675	0.147432075228	-0.304226149735	-0.36249576765	-0.109604902007	0.207596606201	0.0659819634768	-0.00248981977989	0.373682959544	0.0172045698635	0.277860602001	0.275990079693	21.0497365473	27.1471304696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 11:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:34)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 35:45)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 46:56)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 57:63)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 64:79)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 80:90)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 91:120)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 11:19)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 20:32)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 33:45)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 46:58)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 59:69)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 70:74)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 75:90)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 91:120)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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