PDB-6fan: Crystal structure of putative CooT from Carboxydothermus hydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fan

タイトル

Crystal structure of putative CooT from Carboxydothermus hydrogenoformans

要素

CooT

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbon monoxide dehydrogenase / nickel chaperone / maturation pathway

機能・相同性

CO dehydrogenase accessory protein CooT / CO dehydrogenase accessory protein CooT / RNA-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cavazza, C. / Alfano, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2018
タイトル: Biophysical and structural characterization of the putative nickel chaperone CooT from Carboxydothermus hydrogenoformans.
著者: Alfano, M. / Perard, J. / Miras, R. / Catty, P. / Cavazza, C.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fan.cif.gz	87.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fan.ent.gz	68.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fan_validation.pdf.gz	487.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fan_full_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示
XML形式データ	6fan_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6fan_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1axj-d 3gx8-d 2p0f-d 2l59-d 6vdt-1 2p0h-d 2jj6-2 4fit-d 4zxe-3 5vlx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CooT

B: CooT

C: CooT

D: CooT

E: CooT

F: CooT

ヘテロ分子

44.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: CooT

ヘテロ分子

A: CooT

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
14.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CooT

E: CooT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: CooT

F: CooT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: CooT

D: CooT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.261, 61.350, 81.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	CooT 分子量: 7303.479 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (strain ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901) (バクテリア) 遺伝子: CHY_0178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AFN4
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 47% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol, 2% (v/v) 2-methyl-2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33.85 Å / Num. obs: 97738 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 13.41
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→79.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.304 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27517	1299	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23463	-	-	-
obs	0.23658	25451	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	-0 Å²	-2.65 Å²
2-	-	2.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→79.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2937	0	55	60	3052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.096	2.019	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.821	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.871	23.986	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.839	15	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.65	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.08	4.678	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.863	6.978	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.756	5.01	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.765	87.183	11005
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3360	0.08
1	2	B	3360	0.08
2	1	A	3310	0.07
2	2	C	3310	0.07
3	1	A	3218	0.1
3	2	D	3218	0.1
4	1	A	3340	0.1
4	2	E	3340	0.1
5	1	A	3250	0.1
5	2	F	3250	0.1
6	1	B	3430	0.08
6	2	C	3430	0.08
7	1	B	3238	0.11
7	2	D	3238	0.11
8	1	B	3430	0.1
8	2	E	3430	0.1
9	1	B	3284	0.1
9	2	F	3284	0.1
10	1	C	3128	0.1
10	2	D	3128	0.1
11	1	C	3248	0.12
11	2	E	3248	0.12
12	1	C	3156	0.11
12	2	F	3156	0.11
13	1	D	3272	0.1
13	2	E	3272	0.1
14	1	D	3362	0.1
14	2	F	3362	0.1
15	1	E	3322	0.1
15	2	F	3322	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	97	-
R_work	0.37	1886	-
obs	-	-	98.31 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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