PDB-6fad: SR protein kinase 1 (SRPK1) in complex with the RGG-box of HSV1 ICP27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fad

タイトル

SR protein kinase 1 (SRPK1) in complex with the RGG-box of HSV1 ICP27

要素

SRSF protein kinase 1
mRNA export factor

キーワード

SPLICING / Complex / Phosphorylation / Inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Tunnicliffe, R.B. / Levy, C. / Mould, A.P. / Mckenzie, E.A. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Molecular Mechanism of SR Protein Kinase 1 Inhibition by the Herpes Virus Protein ICP27.
著者: Tunnicliffe, R.B. / Hu, W.K. / Wu, M.Y. / Levy, C. / Mould, A.P. / McKenzie, E.A. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fad.cif.gz	600 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fad.ent.gz	491.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fad_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fad_full_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示
XML形式データ	6fad_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	6fad_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wakS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wam-d 3ww4-d 3gf4-3 3nwm-d 2wsq-1 5j6h-d 2x4r-2 1duz-2 6kwo-d 3vfu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SRSF protein kinase 1

B: SRSF protein kinase 1

C: SRSF protein kinase 1

D: SRSF protein kinase 1

E: mRNA export factor

F: mRNA export factor

G: mRNA export factor

H: mRNA export factor

ヘテロ分子

288 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SRSF protein kinase 1

E: mRNA export factor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SRSF protein kinase 1

H: mRNA export factor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SRSF protein kinase 1

G: mRNA export factor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72 kDa, 2 ポリマー
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4

D: SRSF protein kinase 1

F: mRNA export factor

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.980, 99.980, 426.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	SRSF protein kinase 1 / SFRS protein kinase 1 / Serine/arginine-rich protein-specific kinase 1 / SR-protein-specific kinase 1 分子量: 70118.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncated construct SRPK1dNS1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RP 参照: UniProt: Q96SB4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	mRNA export factor / Immediate-early protein IE63 / Infected cell protein 27 / ICP27 分子量: 1746.006 Da / 分子数: 4 / Fragment: ICP27 residues 137-152 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Herpes simplex virus (type 1 / strain 17) (ヘルペスウイルス) 参照: UniProt: P36295, UniProt: P10238*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09 M (Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate, 0.3 M ammonium sulphate), 0.1 M (Sodium HEPES, MOPS) buffer system, 50% v/v GOL_P4K mix [Morpheus HT96 C7, Molecular Dimensions]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.801→80.21 Å / Num. obs: 60695 / % possible obs: 99.95 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.36 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.0953 / R_pim(I) all: 0.03136 / R_rim(I) all: 0.1004 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.801→2.901 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.7533 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique obs: 5993 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.2681 / R_rim(I) all: 0.8004 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WAK

1wak

解像度: 2.801→80.21 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2574	2993	4.93 %	Random selection
R_work	0.1979	-	-	-
obs	0.2009	60672	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→80.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11885	0	25	189	12099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	16471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.313	7264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8008-2.8467	0.3431	136	0.2536	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8467-2.8958	0.3188	151	0.2333	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8958-2.9485	0.3019	169	0.2332	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9485-3.0052	0.2779	135	0.2246	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0052-3.0665	0.3276	126	0.2358	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0665-3.1332	0.3205	131	0.2431	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1332-3.2061	0.3418	128	0.2415	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2061-3.2863	0.3157	129	0.2303	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2863-3.3751	0.284	168	0.2173	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3751-3.4745	0.297	134	0.2145	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4745-3.5866	0.2661	135	0.211	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5866-3.7148	0.2372	138	0.2037	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7148-3.8635	0.2281	148	0.1874	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8635-4.0393	0.2272	145	0.1714	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0393-4.2523	0.2275	165	0.1704	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2523-4.5187	0.2145	127	0.1612	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5187-4.8675	0.202	146	0.1567	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8675-5.3573	0.2352	156	0.1658	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3573-6.1323	0.2713	135	0.1899	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1323-7.725	0.2701	140	0.1903	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
7.725-80.2454	0.1795	151	0.1741	2881	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3579	0.083	-0.0366	0.0848	0.0283	0.0255	0.0104	0.0047	0.202	-0.0314	-0.0136	0.0711	-0.0436	-0.1397	-0.3148	0.0667	-0.0585	0.0308	0.6047	-0.0609	0.1941	20.7898	-16.4663	14.2076
2	0.3743	-0.0502	-0.051	0.0076	-0.005	0.0558	0.0442	-0.0037	0.2018	0.0084	-0.027	-0.052	-0.0682	0.199	-0.2353	0.0834	-0.0707	0.0576	0.6849	-0.1707	0.2421	55.4711	-9.3598	50.9348
3	0.3941	-0.0864	-0.0415	0.1208	0.0414	0.0808	-0.0344	-0.1492	-0.0774	0.0729	-0.0588	0.1209	0.0993	-0.1674	-0.536	0.1264	-0.0954	0.0286	0.807	-0.0294	0.173	19.2252	-36.557	52.6179
4	0.0158	-0.0213	0.0144	0.0307	-0.0183	0.016	-0.0009	-0.0523	-0.0463	-0.0112	0.0322	-0.0591	0.1048	0.1104	-0.0749	0.1032	-0.0372	-0.0149	0.6601	-0.0717	0.1724	57.3102	-42.0926	22.6176
5	0.0023	0.0018	-0.001	0.002	-0	0.0012	-0.0086	0.0019	-0.0053	-0.0081	-0.0082	0.0065	-0.0184	0.0017	0	0.3006	-0.1241	0.1299	0.377	-0.0011	0.3006	37.1168	-11.3416	-6.7668
6	0.001	0.0004	0.0005	0.0002	0.0001	0.0007	0.0037	0.0056	-0.0062	-0.0015	0.0047	-0.001	0.0024	0.0052	-0	0.3928	-0.0556	-0.0055	0.3544	-0.0107	0.3566	43.8088	-60.0423	10.9184
7	0.0029	-0.0001	-0.0001	0	-0.0003	0.0013	0.0011	-0.0029	0.0052	0.0065	0.0062	-0.002	-0.0018	-0.0015	0	0.5469	0.0246	-0.0115	0.5619	0.0514	0.445	32.7019	-49.3682	69.6534
8	0.0019	0.0003	-0.0004	0.0003	-0	0.0006	0.0038	0.0045	0.0054	0.0021	-0.0023	-0.0028	-0.0045	-0.0012	-0	0.3897	0.0067	0.0233	0.4472	-0.0746	0.4681	40.9855	5.2647	64.0991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 55 through 655)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 55 through 655)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 55 through 655)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 55 through 655)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 138 through 149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 142 through 148)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 142 through 149)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 142 through 149)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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