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- PDB-6fa5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fa5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP
要素Putative mRNA splicing factor
キーワードHYDROLASE / SPLICING / ATPASE / HELICASE / G-PATCH
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix ...G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Hamann, F. / Schmitt, A. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the spliceosomal DEAH-box ATPase Prp2.
著者: Schmitt, A. / Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA splicing factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3934
ポリマ－70,8351
非ポリマー5583
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.206, 116.412, 118.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative mRNA splicing factor


分子量: 70835.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063660 / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Na-HEPES, 250mM NaCl, 25% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.638 Å / Num. obs: 30007 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.282 % / Biso Wilson estimate: 49.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 13.78 / Num. measured all: 128483
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.444.3530.8531.9147020.6530.96897.9
2.44-2.614.3890.5942.9844910.8180.67299.8
2.61-2.824.3530.3734.6642320.9230.42199.7
2.82-3.094.4260.28.3138880.9780.22599.7
3.09-3.454.4050.10914.2835490.9920.12399.4
3.45-3.984.2610.05624.8331170.9970.06499.3
3.98-4.863.9130.0432.526570.9980.04698.6
4.86-6.844.070.03633.4921110.9980.04198.6
6.84-44.6383.7860.02442.812600.9990.02898.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.73 Å44.64 Å
Translation6.73 Å44.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FAA

6faa


解像度: 2.303→44.638 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 1500 5 %
Rwork0.1979 --
obs0.2003 29999 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.3 Å2 / Biso mean: 58.15 Å2 / Biso min: 26.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.303→44.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 35 59 5051
Biso mean--63.45 53.47 -
残基数----635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3027-2.37710.35451300.31562472260296
2.3771-2.4620.3691360.307125672703100
2.462-2.56060.32611350.286125702705100
2.5606-2.67710.32921340.271625692703100
2.6771-2.81820.32651350.270525672702100
2.8182-2.99480.28161360.231925842720100
2.9948-3.22590.30231370.226825982735100
3.2259-3.55040.27241360.21232577271399
3.5504-4.06390.23491380.16692621275999
4.0639-5.11890.16621370.14942608274598
5.1189-44.64640.20481460.16492766291299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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