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- PDB-6f9h: Crystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 4-S-alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9h
タイトルCrystal structure of Barley Beta-Amylase complexed with 4-S-alpha-D-glucopyranosyl-(1,4-dideoxy-4-thio-nojirimycin)
要素Beta-amylase
キーワードHYDROLASE / Edible Grain / Endosperm / Enzyme Inhibitors / Models / Molecular / Molecular Conformation / Starch / Structure-Activity Relationship / beta-Amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 14B, plant / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / 1,4-dideoxy-4-thio-nojirimycin / Beta-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Moncayo, M.A. / Rodrigues, L.L. / Stevenson, C.E.M. / Ruzanski, C. / Rejzek, M. / Lawson, D.M. / Angulo, J. / Field, R.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
BBSRC Institute Strategic Programme on Understanding and Exploiting Metabolism (MET)BB/J004561/1 英国
John Innes Foundation 英国
Royal Society Newton Fund Fellowship 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Synthesis, biological and structural analysis of prospective glycosyl-iminosugar prodrugs: impact on germination
著者: Moncayo, M.A. / Rodrigues, L.L. / Stevenson, C.E.M. / Ruzanski, C. / Rejzek, M. / Lawson, D.M. / Angulo, J. / Field, R.A.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1114
ポリマ－59,7161
非ポリマー3953
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.520, 99.110, 65.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

CL

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要素

#1: タンパク質 Beta-amylase


分子量: 59716.195 Da / 分子数: 1 / 変異: D165E,L347S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: A8CFR3, beta-amylase
#2: 化合物 ChemComp-SGJ / 1,4-dideoxy-4-thio-nojirimycin


分子量: 179.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3S
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% Polyacrylate and 100mM Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月4日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.05 Å / Num. obs: 36512 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.954.31.05826620.3950.5681.21295.8
8.5-59.0540.0234350.9980.0130.02689.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XFR

2xfr


解像度: 1.9→59.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.1794 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 1706 5 %RANDOM
Rwork0.1652 ---
obs0.1674 32099 88.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.72 Å2 / Biso mean: 37.366 Å2 / Biso min: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→59.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3869 0 23 304 4196
Biso mean--45.46 41.67 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9435620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9592.9968526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7555509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.37223.942208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51515646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9271527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02890
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 108 -
Rwork0.297 1895 -
all-2003 -
obs--71.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.788-0.1135-0.40062.8128-0.01891.7084-0.0403-0.39290.09840.46660.01370.017-0.0142-0.39140.02660.26470.01260.03130.4392-0.02450.398212.35117.824428.2712
21.18090.09830.42991.655-1.0753.9758-0.032-0.25030.04720.2141-0.00530.0783-0.0933-0.18790.03720.12990.02090.03650.0577-0.01260.263213.007428.383716.2433
31.97860.08091.70621.21760.61412.8563-0.0197-0.09230.0520.0802-0.02280.0125-0.0597-0.00980.04250.07720.00240.03680.0110.00160.271118.933127.75446.6347
42.25290.50420.38953.6042-0.12431.243-0.04160.3722-0.0616-0.36230.09590.17560.1033-0.0484-0.05430.13180.0117-0.02750.0857-0.03990.240713.920612.1726-11.644
52.06751.30292.15731.86432.93686.6668-0.07990.0496-0.0327-0.0040.09760.0241-0.10780.2409-0.01770.06530.01250.01790.02580.01740.247927.294619.54442.8611
61.17930.2496-0.59570.552-0.24231.85080.0586-0.1597-0.22880.2059-0.04180.04450.1563-0.0716-0.01680.1803-0.01570.02290.04330.02890.369618.37814.218513.6255
78.47526.677-6.54335.5061-5.22775.12890.21570.07720.1220.3259-0.03940.0719-0.3147-0.0993-0.17620.3830.03520.03340.29820.04160.323827.713311.227531.8636
82.33341.3251-0.89732.3953-0.05333.4868-0.154-0.0096-0.3015-0.13170.1541-0.09760.22380.009-0.00010.06170.0194-0.01010.03420.02160.311329.69644.96938.5612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4A187 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5A257 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6A290 - 442
7X-RAY DIFFRACTION7A443 - 453
8X-RAY DIFFRACTION8A454 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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