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- PDB-6f96: Crystal Structure of E. coli GyraseB 24kDa in complex with 6-[(et... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f96
タイトルCrystal Structure of E. coli GyraseB 24kDa in complex with 6-[(ethylcarbamoyl)amino]-4-[(4-methoxyphenyl)amino]-N-(pyridin-3-yl)pyridine-3-carboxamide
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / Binding Sites / DNA Gyrase / inhibitors / pyridine-3-carboxamides / topoisomerase IV
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D0K / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Narramore, S.K. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Fishwick, C.W.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: New insights into the binding mode of pyridine-3-carboxamide inhibitors of E. coli DNA gyrase.
著者: Narramore, S. / Stevenson, C.E.M. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Fishwick, C.W.G.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6852
ポリマ－24,2781
非ポリマー4061
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.200, 100.200, 50.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 24278.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: gyrB, Z5190, ECs4634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AES7, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-D0K / 6-(ethylcarbamoylamino)-4-[(4-methoxyphenyl)amino]-~{N}-pyridin-3-yl-pyridine-3-carboxamide


分子量: 406.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25-30% PEG 400 and 100 mM Hepes pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月7日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.27 Å / Num. obs: 10325 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 101076
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.579.81.6917350.5280.5671.785100
11.18-50.277.70.0471370.9970.0170.0599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6F86

6f86


解像度: 2.5→50.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.476 / SU ML: 0.204 / SU R Cruickshank DPI: 0.3543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.243
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 498 4.8 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2088 9812 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.96 Å2 / Biso mean: 47.287 Å2 / Biso min: 28.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 0 30 74 1551
Biso mean--50.36 47.95 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9622083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9663.0063259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.4523.69973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43315255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9921512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02320
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 42 -
Rwork0.3 687 -
all-729 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.14970.1892-0.551611.42890.12892.6179-0.16670.2465-0.62440.11380.12930.33330.815-0.06880.03740.2656-0.06210.01860.1739-0.04280.126366.874123.107942.2192
25.5341-1.7148-3.38751.65010.10868.8912-0.07730.06-0.28750.02080.00130.4552-0.0385-0.58270.0760.0715-0.058-0.03360.11920.01790.158360.011334.617557.5155
30.7361.0042-0.68582.3379-2.15093.3312-0.0046-0.0061-0.1249-0.2102-0.09230.02620.3904-0.12620.09690.06340.0019-0.0040.0993-0.03250.128168.352627.68259.9915
42.8983-0.1330.90632.09560.22625.8886-0.02010.0341-0.05540.04150.0501-0.19410.24530.2797-0.02990.0346-0.011-0.01290.03830.00730.037274.309328.90660.1982
56.89940.4481-4.7011.77512.92969.1980.15310.6134-0.0344-0.0192-0.025-0.0865-0.153-0.5316-0.12810.1194-0.0302-0.03440.16410.04480.025770.855735.452940.3169
610.7462-4.9217-5.10612.26822.31872.45520.01080.1818-0.3095-0.0612-0.07740.1950.0703-0.08950.06660.2372-0.0181-0.16830.17710.03440.25256.970841.915348.6454
78.40770.3346-1.30475.0374-0.19692.92830.2068-0.22830.71560.04210.01150.0191-0.37860.1028-0.21830.11350.0059-0.01460.0694-0.01950.102966.479945.756952.8419
817.4092-0.9257-3.58091.3412-0.54654.1780.1761-0.22610.2007-0.0298-0.02480.1421-0.34130.0188-0.15130.1205-0.0114-0.01410.0255-0.00920.098958.555249.196754.7773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2A39 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3A59 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5A174 - 186
6X-RAY DIFFRACTION6A187 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7A198 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8A213 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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