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- PDB-6f87: Crystal structure of P. abyssi Sua5 complexed with L-threonine and PPi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f87
タイトルCrystal structure of P. abyssi Sua5 complexed with L-threonine and PPi
要素Threonylcarbamoyl-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE / Nucleotidyltransferase / tRNA modification / threonylcarbamoylation
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonylcarbamoyladenylate synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / regulation of translational fidelity / double-stranded RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein SUA5 / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily ...tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein SUA5 / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / THREONINE / Threonylcarbamoyl-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Pichard-Kostuch, A. / Zhang, W. / Liger, D. / Daugeron, M.C. / Letoquart, J. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Forterre, P. / Collinet, B. / van Tilbeurgh, H. / Basta, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Structural BiologyFRISBI ANR-10-INSB-050 フランス
引用ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: Structure-function analysis of Sua5 protein reveals novel functional motifs required for the biosynthesis of the universal t6A tRNA modification.
著者: Pichard-Kostuch, A. / Zhang, W. / Liger, D. / Daugeron, M.C. / Letoquart, J. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Forterre, P. / Collinet, B. / van Tilbeurgh, H. / Basta, T.
履歴
登録2017年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
B: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
C: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
D: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,96912
ポリマ－152,7894
非ポリマー1,1808
水1,838102
1
A: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4923
ポリマ－38,1971
非ポリマー2952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4923
ポリマ－38,1971
非ポリマー2952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4923
ポリマ－38,1971
非ポリマー2952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Threonylcarbamoyl-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4923
ポリマ－38,1971
非ポリマー2952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.440, 144.070, 103.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-529-

HOH

21D-526-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Threonylcarbamoyl-AMP synthase / TC-AMP synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...TC-AMP synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein Sua5 / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein Sua5


分子量: 38197.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: sua5, PYRAB15960, PAB1302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UYB2, L-threonylcarbamoyladenylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate / PH範囲: 8.5 - 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→49.03 Å / Num. obs: 64452 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 2.62→2.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 10212 / Rrim(I) all: 0.69 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EQA

2eqa


解像度: 2.62→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 10.58 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3223 5 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1781 61225 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 236.33 Å2 / Biso mean: 66.881 Å2 / Biso min: 35.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10560 0 68 102 10730
Biso mean--58.12 54.01 -
残基数----1360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01910824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.98814648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051325032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82851356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93223.273440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.285151948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1151592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022212
LS精密化 シェル解像度: 2.617→2.685 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 229 -
Rwork0.319 4352 -
all-4581 -
obs--95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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