PDB-6f71: Crystal structure of glutathione transferase Omega 6S from Tramet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f71

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase Omega 6S from Trametes versicolor in complex with naringenin

要素

glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione / fungi / polyphenols / wood decayers

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes versicolor (カワラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Molecular recognition of wood polyphenols by phase II detoxification enzymes of the white rot Trametes versicolor.
著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Aubert, E. / Dumarcay, S. / Favier, F. / Gerardin, P. / Morel-Rouhier, M. / Mulliert, G. / Saiag, F. / Didierjean, C. / Gelhaye, E.

履歴

登録	2017年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f71.cif.gz	363.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f71.ent.gz	301.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f71_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f71_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6f71_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	6f71_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f43C 6f4bC 6f4fC 6f4kC 6f51C 6f66C 6f67C 6f68C 6f69C 6f6aC 6f70SC 6ht6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f70-d 6sr9-2 4ynp-d 4jyh-d 2qe5-2 5qj0-d 4ry5-2 6ht6-d 6sr8-2 2d3u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (6) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: glutathione transferase

B: glutathione transferase

C: glutathione transferase

D: glutathione transferase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glutathione transferase

B: glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: glutathione transferase

D: glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.810, 78.880, 93.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	glutathione transferase 分子量: 27816.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E158*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CWE / R-naringenin / (R)-ナリンゲニン分子量: 272.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25 % PEG 1500, 0.1 M MMT pH 6.5 buffer (containing DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios 1:2:2, respectively)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9799 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.35 Å / Num. obs: 46447 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F70

6f70

解像度: 2.301→45.872 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	2320	5 %
R_work	0.1658	-	-
obs	0.1689	46412	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→45.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7459	0	80	467	8006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	7755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	10583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.335	4711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3012-2.3481	0.2954	123	0.2243	2329	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3481-2.3992	0.263	134	0.2152	2545	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3992-2.455	0.2857	138	0.2066	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.5164	0.2687	134	0.2004	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5164-2.5844	0.2734	136	0.1878	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5844-2.6605	0.2657	139	0.1873	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6605-2.7463	0.2778	137	0.1912	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7463-2.8445	0.243	138	0.1739	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8445-2.9584	0.2555	137	0.177	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9584-3.093	0.2342	137	0.1769	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.093-3.256	0.225	137	0.1775	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.256-3.4599	0.2139	138	0.1566	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4599-3.727	0.2514	139	0.1551	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.727-4.1018	0.22	137	0.1365	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1018-4.6948	0.1804	139	0.1353	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6948-5.913	0.193	138	0.143	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.913-45.8812	0.1728	139	0.1549	2653	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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