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- PDB-6f6t: Phenylalanine ammonia-lyase (PAL) from Petroselinum crispum compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6t
タイトルPhenylalanine ammonia-lyase (PAL) from Petroselinum crispum complexed with S-APPA
要素Phenylalanine ammonia-lyase 1
キーワードLYASE / Inhibitor / Complex / Phenylalanine ammonia-lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine ammonia-lyase / cinnamic acid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / amino acid binding / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 ...Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-(1-amino-2phenylallyl)phosphonic acid / Phenylalanine ammonia-lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Petroselinum crispum (オランダゼリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89995964358 Å
データ登録者Bata, Z. / Leveles, I. / Vertessy, G.B. / Poppe, L.
資金援助 ハンガリー, Romania, 9件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation OfficeNKFIH K119493 ハンガリー
National Research Development and Innovation OfficeNKFIH K109486 ハンガリー
National Research Development and Innovation OfficeNVKP-16-1-2016-0020 ハンガリー
National Research Development and Innovation OfficeVEKOP-2.3.2-16-2017-00013 ハンガリー
National Research Development and Innovation OfficeICGEB CRP/HUN14-01 ハンガリー
National Research Development and Innovation OfficeUNKP-2017-3-058 ハンガリー
EU COSTAction CM1303 SysBiocat ハンガリー
Hungarian OTKA FoundationNN-103242 ハンガリー
Romanian Ministry for European FundsNEMSyB ID P37273 Cod MySMIS 103413 Romania
引用
ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Substrate Tunnel Engineering Aided by X-ray Crystallography and Functional Dynamics Swaps the Function of MIO-Enzymes
著者: Bata, Z. / Molnar, Z. / Madaras, E. / Molnar, B. / Santa-Bell, E. / Varga, A. / Leveles, I. / Qian, R. / Hammerschmidt, F. / Paizs, C. / Vertessy, B.G. / Poppe, L.
#1: ジャーナル: Adv. Synth. Catal. / 年: 2017
タイトル: A Methylidene Group in the Phosphonic Acid Analogue of Phenylalanine Reverses the Enantiopreference of Binding to Phenylalanine Ammonia-Lyases.
著者: Bata, Z. / Qian, R. / Roller, A. / Horak, J. / Bencze, L.C. / Paizs, C. / Hammerschmidt, F. / Vertessy, B.G. / Poppe, L.
#2: ジャーナル: STUDIA UBB CHEMIA, / 年: 2016
タイトル: EXPRESSION AND PURIFICATION OF RECOMBINANT PHENYLALANINE AMMONIA-LYASE FROM PETROSELINUM CRISPUM
著者: Bata, Z.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02025年10月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,1204
ポリマ－155,6932
非ポリマー4262
水10,431579
1
A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子

A: Phenylalanine ammonia-lyase 1
B: Phenylalanine ammonia-lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,2398
ポリマ－311,3864
非ポリマー8534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area37050 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area79740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.740, 161.100, 141.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1137-

HOH

21B-1172-

HOH

31B-1184-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine ammonia-lyase 1


分子量: 77846.602 Da / 分子数: 2 / 変異: A202X, S203X, G204X, C704S, C716S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petroselinum crispum (オランダゼリ)
遺伝子: PAL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P24481, phenylalanine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-CV2 / (S)-(1-amino-2phenylallyl)phosphonic acid


分子量: 213.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12NO3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: Tree like plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 6000 14 W/V%, HEPES 0.15 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月5日
放射モノクロメーター: KB-mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→95.584 Å / Num. all: 314714 / Num. obs: 106555 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.9685078708 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 4.48
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / CC1/2: 0.641 / Rrim(I) all: 1.189

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170615データ削減
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170615データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W27

1w27


解像度: 1.89995964358→95.5824868269 Å / SU ML: 0.312182771342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33900178422 / 位相誤差: 26.0441066425
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238743223725 5353 5.02751845521 %Take from 1w27.cif
Rwork0.191938851723 ---
obs0.194251206443 106474 99.8565091393 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.7481309341 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89995964358→95.5824868269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10280 0 28 579 10887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0070062340006710554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92252977306314308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04954131889841643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005279096239461860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.34541541286418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.3947782293891790.3641748387743321X-RAY DIFFRACTION99.5166334945
1.9216-1.94420.393215819261840.34438366583338X-RAY DIFFRACTION99.4634284101
1.9442-1.96790.3679929923041740.3388323639383338X-RAY DIFFRACTION99.9430848036
1.9679-1.99280.368474805561860.324146896413339X-RAY DIFFRACTION99.9716392513
1.9928-2.0190.3645159476361780.3171838463753315X-RAY DIFFRACTION99.914187643
2.019-2.04670.3540258939321740.295965179223369X-RAY DIFFRACTION99.8872286439
2.0467-2.07590.3303301241561790.278693968883346X-RAY DIFFRACTION99.9432945846
2.0759-2.10690.3229544561091500.2690966633883333X-RAY DIFFRACTION99.9712973594
2.1069-2.13980.2846457165111720.2431378186483373X-RAY DIFFRACTION99.9717992104
2.1398-2.17490.3010374231241840.2371105064223372X-RAY DIFFRACTION99.8876404494
2.1749-2.21240.261305008761820.2365579975663339X-RAY DIFFRACTION99.9716070415
2.2124-2.25260.288627603392040.2317659138733305X-RAY DIFFRACTION99.9715099715
2.2526-2.2960.2836865998911750.2373433452913342X-RAY DIFFRACTION99.7164729232
2.296-2.34280.282247902121820.2249637515523349X-RAY DIFFRACTION99.8868458274
2.3428-2.39380.3115881381141980.2145025491063334X-RAY DIFFRACTION99.971695443
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2.4495-2.51070.2601990519062080.2005907681463339X-RAY DIFFRACTION99.9436460975
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2.8381-2.95180.2269305995141910.1816119550763359X-RAY DIFFRACTION99.9155643118
2.9518-3.08610.2371288993681710.1809450167813354X-RAY DIFFRACTION99.9149659864
3.0861-3.24880.2368457917331470.1792962399543429X-RAY DIFFRACTION99.8046329891
3.2488-3.45240.2132053691411790.1669626042863410X-RAY DIFFRACTION99.6667592335
3.4524-3.7190.20264669161690.1555917144413401X-RAY DIFFRACTION100
3.719-4.09320.1529051119411640.1357051906083405X-RAY DIFFRACTION99.8321678322
4.0932-4.68550.1676863716951670.1280908699893447X-RAY DIFFRACTION99.8894416805
4.6855-5.90320.1905844324511970.1573578072663447X-RAY DIFFRACTION99.8629761579
5.9032-95.70360.1926233240872050.1649814500883537X-RAY DIFFRACTION99.2572944297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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