PDB-6f5d: Trypanosoma brucei F1-ATPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f5d

タイトル

Trypanosoma brucei F1-ATPase

要素

(ATP synthase subunit ...) x 5
ATP synthase gamma subunit

キーワード

HYDROLASE / ATP synthase / mitochondria / trypanosoma brucei / p18

機能・相同性

機能・相同性情報

: / proton-transporting two-sector ATPase complex / : / : / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / kinetoplast / ATP biosynthetic process / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis ...
類似検索 - 分子機能

Thrombin, subunit H - #170 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Montgomery, M.G. / Gahura, O. / Leslie, A.G.W. / Zikova, A. / Walker, J.E.

資金援助

英国,

チェコ, 6件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (United Kingdom)	MR/M009858/1	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	MC_U105663150	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	MC_U105184325	英国
Ministry of Education ERC CZ	LL1205	チェコ
Postdok_BIOGLOBE	CZ.1.07/2.3.00/30.0032	チェコ
European Molecular Biology Organization	ASTF 81-2016

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: ATP synthase fromTrypanosoma bruceihas an elaborated canonical F1-domain and conventional catalytic sites.
著者: Montgomery, M.G. / Gahura, O. / Leslie, A.G.W. / Zikova, A. / Walker, J.E.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2018年8月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f5d.cif.gz	764.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f5d.ent.gz	624.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jdiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2784 6hlr-d 1nik-d 6ric-d 1i3q-d 3219 3s16-d 4891 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (25) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (24) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (9)

登録構造単位

A: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

B: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

C: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

D: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

E: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

F: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

G: ATP synthase gamma subunit

H: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

I: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

J: ATP synthase subunit p18, mitochondrial

K: ATP synthase subunit p18, mitochondrial

L: ATP synthase subunit p18, mitochondrial

ヘテロ分子

465 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.218, 206.350, 130.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	VAL	VAL	A	A	22 - 560	22 - 560
2	1	PHE	PHE	VAL	VAL	B	B	22 - 560	22 - 560
1	2	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	22 - 559	22 - 559
2	2	PHE	PHE	ALA	ALA	C	C	22 - 559	22 - 559
1	3	PHE	PHE	VAL	VAL	B	B	22 - 560	22 - 560
2	3	PHE	PHE	VAL	VAL	C	C	22 - 560	22 - 560
1	4	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	8 - 487	8 - 487
2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	E	E	8 - 487	8 - 487
1	5	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	8 - 487	8 - 487
2	5	ASP	ASP	LYS	LYS	F	F	8 - 487	8 - 487
1	6	ALA	ALA	ALA	ALA	E	E	7 - 491	7 - 491
2	6	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	7 - 491	7 - 491
1	7	ALA	ALA	ASP	ASP	J	J	6 - 166	6 - 166
2	7	ALA	ALA	ASP	ASP	K	K	6 - 166	6 - 166
1	8	ALA	ALA	LYS	LYS	J	J	6 - 168	6 - 168
2	8	ALA	ALA	LYS	LYS	L	L	6 - 168	6 - 168
1	9	ALA	ALA	ASP	ASP	K	K	6 - 166	6 - 166
2	9	ALA	ALA	ASP	ASP	L	L	6 - 166	6 - 166

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
ATP synthase subunit ... , 5種, 11分子 ABCDEFHIJKL

#1: タンパク質	ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit alpha 分子量: 61087.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 / 参照: UniProt: Q9GS23, UniProt: Q57TX9*PLUS
#2: タンパク質	ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit beta 分子量: 53617.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 参照: UniProt: Q9GPE9, UniProt: Q57XX1*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質	ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit delta 分子量: 18177.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 / 参照: UniProt: P0DPG2, UniProt: Q586H1*PLUS
#5: タンパク質	ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit epsilon 分子量: 7660.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 / 参照: UniProt: P0DPG3, UniProt: Q38B96*PLUS
#6: タンパク質	ATP synthase subunit p18, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit p18 分子量: 19191.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 / 参照: UniProt: P0DPG4, UniProt: Q57ZP0*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 G

#3: タンパク質	ATP synthase gamma subunit / F1F0-ATPase gamma subunit 分子量: 34313.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) Variant: 427 参照: UniProt: A0A161CFW5, UniProt: Q38CM0*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase

-
非ポリマー , 3種, 31分子

#7: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO4 and 1 mM ADP, 7.7% (w/v) polyethyleneglycol 10000 dissolved in a buffer containing 100 mM 2-(N-morpholino)-ethanesulfonic acid, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→90.51 Å / Num. obs: 102391 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.565 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0190	精密化
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JDI

2jdi

解像度: 3.2→90.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.849 / SU B: 39.307 / SU ML: 0.605 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29712	4968	5 %	RANDOM
R_work	0.27169	-	-	-
obs	0.27297	94768	95.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0 Å²	6.82 Å²
2-	-	-0.84 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→90.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30905	0	167	20	31092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	31650
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	29909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.066	1.976	42896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	69355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.383	5	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.764	24.435	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.725	15	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.094	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	34943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.554	9.091	16000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.554	9.091	15999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.76	13.626	19990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.759	13.627	19991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.101	9.188	15650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.101	9.187	15648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.032	13.711	22906
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.548		34736
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.548		34737
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31060	0.09
1	2	B	31060	0.09
2	1	A	31172	0.08
2	2	C	31172	0.08
3	1	B	30984	0.09
3	2	C	30984	0.09
4	1	D	27490	0.1
4	2	E	27490	0.1
5	1	D	28332	0.08
5	2	F	28332	0.08
6	1	E	27566	0.1
6	2	F	27566	0.1
7	1	J	8940	0.12
7	2	K	8940	0.12
8	1	J	9000	0.12
8	2	L	9000	0.12
9	1	K	8858	0.13
9	2	L	8858	0.13

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	302	-
R_work	0.397	5503	-
obs	-	-	75.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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