PDB-6f50: CRYSTAL STRUCTURE OF KETOSTEROID ISOMERASE DOUBLE VARIANT V88I/L99V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f50

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF KETOSTEROID ISOMERASE DOUBLE VARIANT V88I/L99V

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / Ksi

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dunstan, M. / Currin, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2018
タイトル: Engineering the "Missing Link" in Biosynthetic (-)-Menthol Production: Bacterial Isopulegone Isomerase.
著者: Currin, A. / Dunstan, M.S. / Johannissen, L.O. / Hollywood, K.A. / Vinaixa, M. / Jervis, A.J. / Swainston, N. / Rattray, N.J.W. / Gardiner, J.M. / Kell, D.B. / Takano, E. / Toogood, H.S. / Scrutton, N.S.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f50.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f50.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f50_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f50_full_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示
XML形式データ	6f50_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6f50_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/6f50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f4yC 6f53C 6f54C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ljx-d 3cpo-d 1oho-d 6f4y-2 1dmm-d 6f4y-1 6ljs-d 1c7h-d 6ljt-d 1ea2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Steroid Delta-isomerase

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.692, 73.539, 95.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13791.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10-25% PEG3350 with 0.2 M MgCl2; ii) 10-25% PEG3350 with 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→95.4 Å / Num. obs: 17276 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2→29.192 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 23.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	835	4.83 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1854	17276	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.11 Å² / B_iso mean: 32.9813 Å² / B_iso min: 10.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1928	0	0	160	2088
B_iso mean	-	-	-	38.67	-
残基数	-	-	-	-	250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1970
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	2674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.959	722

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.1253	0.2686	127	0.1997	2641	2768	96
2.1253-2.2894	0.2492	153	0.1868	2628	2781	97
2.2894-2.5196	0.2422	132	0.1846	2728	2860	98
2.5196-2.8839	0.2448	149	0.1893	2718	2867	99
2.8839-3.6324	0.2271	122	0.186	2800	2922	99
3.6324-29.1947	0.2026	152	0.1744	2926	3078	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.8702 Å / Origin y: -18.4632 Å / Origin z: 23.9284 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0936 Å²	-0.0002 Å²	0.0114 Å²	-	0.0936 Å²	0.0053 Å²	-	-	0.1198 Å²
L	0.8269 °²	0.0701 °²	-0.1383 °²	-	0.8674 °²	0.0832 °²	-	-	1.7996 °²
S	-0.0127 Å °	0.0267 Å °	-0.031 Å °	-0.0955 Å °	0.0197 Å °	-0.0102 Å °	-0.003 Å °	0.0192 Å °	-0.0004 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 160

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関連情報:EMDBヘッダ

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