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- PDB-6f4s: Human JMJD5 (N308C) in complex with Mn(II), 2OG and RCCD1 (139-14... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f4s
タイトルHuman JMJD5 (N308C) in complex with Mn(II), 2OG and RCCD1 (139-143) (complex-4)
要素
  • JmjC domain-containing protein 5
  • RCC1 domain-containing protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / Lysine-specific demethylase 8 / JmjC domain-containing protein 5 / Arginyl C-3 Hydroxylase / JMJD5 / KDM8 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / BETA-HYDROXYLATION / HYDROXYLATION / ARGININE HYDROXYLATION / RCC1 domain-containing protein 1 / RCCD1 / Regulator of chromosome condensation / 40S ribosomal protein S6 / RPS6 / RIBOSOME BIOGENESIS / TRANSCRIPTION / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / CANCER / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / methylated histone binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization ...[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / methylated histone binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / G2/M transition of mitotic cell cycle / p53 binding / chromatin organization / chromosome / fibroblast proliferation / endopeptidase activity / in utero embryonic development / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. ...: / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / RCC1 domain-containing protein 1 / Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.461 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Islam, M.S. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: JMJD5 is a human arginyl C-3 hydroxylase.
著者: Wilkins, S.E. / Islam, S. / Gannon, J.M. / Markolovic, S. / Hopkinson, R.J. / Ge, W. / Schofield, C.J. / Chowdhury, R.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JmjC domain-containing protein 5
B: RCC1 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5266
ポリマ－30,1112
非ポリマー4154
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.321, 65.607, 77.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 JmjC domain-containing protein 5 / LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8 / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5


分子量: 29527.264 Da / 分子数: 1 / 変異: C217A, C232A, N308C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC DOMAIN FRAGMENT: 183-416 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM8, JMJD5 / プラスミド: PNIC28 BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N371, [50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase
#2: タンパク質・ペプチド RCC1 domain-containing protein 1


分子量: 583.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FRAGMENT: 139-143 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6NED2

-
非ポリマー , 5種, 346分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 29 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:2 ratio)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→33.43 Å / Num. obs: 44375 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2928 / CC1/2: 0.602 / Rpim(I) all: 0.602 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000706Eデータ削減
HKL-2000706Eデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F4R

6f4r


解像度: 1.461→33.426 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 2188 4.94 %RANDOM
Rwork0.1367 ---
obs0.1375 44307 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.4 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3---2.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.461→33.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 25 342 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9623364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.403934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4613-1.49310.22621460.23182572X-RAY DIFFRACTION99
1.4931-1.52780.19861010.21032618X-RAY DIFFRACTION100
1.5278-1.5660.23121380.20072562X-RAY DIFFRACTION100
1.566-1.60840.20421600.18182595X-RAY DIFFRACTION100
1.6084-1.65570.20661300.16932595X-RAY DIFFRACTION100
1.6557-1.70910.17031450.1592599X-RAY DIFFRACTION100
1.7091-1.77020.16951430.14472611X-RAY DIFFRACTION100
1.7702-1.84110.17161350.13542615X-RAY DIFFRACTION100
1.8411-1.92490.13381320.13152610X-RAY DIFFRACTION100
1.9249-2.02640.13871190.11742630X-RAY DIFFRACTION100
2.0264-2.15330.13541410.11382640X-RAY DIFFRACTION100
2.1533-2.31950.11961370.10932644X-RAY DIFFRACTION100
2.3195-2.55290.14141380.11552648X-RAY DIFFRACTION100
2.5529-2.92210.15631370.12282669X-RAY DIFFRACTION100
2.9221-3.68080.13721460.11962692X-RAY DIFFRACTION100
3.6808-33.43450.14531400.15012819X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8805-0.1679-0.4991.57170.54881.57030.00570.01620.22860.0730.08540.2724-0.2935-0.3660.07910.11650.05410.02950.17510.03620.1884-25.04122.3715-19.5715
22.4875-0.75270.80871.9717-0.4891.9064-0.1584-0.33540.26610.39880.1991-0.1509-0.3153-0.04450.00680.25180.03090.01140.2076-0.02760.1422-8.272610.3833-2.6835
30.9336-0.62960.54352.0521-1.13121.48480.0960.23830.0492-0.2901-0.1876-0.1440.11360.21120.0550.17020.02810.03130.17790.02160.15813.29034.4737-22.1839
41.3081-0.38720.122.3911-0.63921.83290.02810.07330.08030.0678-0.12-0.4189-0.04340.3691-0.02830.0997-0.00880.00460.14390.02250.17675.77797.7153-14.4776
52.095-0.84760.08581.7649-0.64920.669-0.0477-0.0115-0.54310.0130.12420.39670.1285-0.2378-0.08510.1648-0.02380.01640.17740.03070.2329-19.95863.8374-13.7133
63.04790.52570.10691.9183-0.03541.0875-0.03420.1138-0.1907-0.04340.09680.08220.0196-0.01340.01340.10510.0065-0.00180.0914-0.00540.1172-8.45787.51-16.5127
71.5806-0.25720.25560.835-0.58261.74680.00280.145-0.09660.01340.0299-0.08320.02080.11250.03420.09530.0013-0.00590.0826-0.01130.0918-6.35913.4274-25.5823
80.70880.0398-0.03551.0594-0.61161.52480.0079-0.04860.00530.10890.02570.0283-0.0998-0.00250.0350.0970.00940.00510.0866-0.00750.09-10.038618.7642-19.7509
91.90890.0441-0.66132.1523-0.64142.3267-0.04920.2676-0.3192-0.2968-0.02230.05660.2941-0.0827-0.00320.1771-0.01470.00340.1418-0.02880.1278-8.013115.1023-37.4026
100.7443-0.248-1.07561.37210.89092.50580.17390.27440.0594-0.1631-0.0404-0.113-0.25540.0575-0.02320.17160.00080.04040.15320.01070.1209-2.151124.8335-38.8253
111.25480.235-0.29071.2695-0.4671.53480.0025-0.00020.0730.05690.05680.1055-0.1249-0.09110.01240.09290.02630.00340.08650.00010.1042-14.494419.296-22.7439
120.742-0.1589-0.491.0999-1.08611.725-0.00910.0447-0.07140.03620.05210.02150.0333-0.06660.02220.10070.0082-0.00730.0845-0.00890.0943-10.711613.0317-19.6228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 182:211)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 212:230)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 231:254)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 255:277)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 278:305)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 306:312)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 313:325)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 326:341)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 342:365)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 366:381)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 382:399)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 400:416)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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