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- PDB-6f4h: Crystal structure of the Drosophila melanogaster SNF/U1-SL2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f4h
タイトルCrystal structure of the Drosophila melanogaster SNF/U1-SL2 complex
要素
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
  • U1-SL2
キーワードSPLICING / SNF / U2A' RRM / Evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / mRNA Splicing - Major Pathway / female germ-line sex determination / small nuclear ribonucleoprotein complex / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / U1 snRNP / oogenesis ...primary sex determination, soma / snRNA stem-loop binding / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / mRNA Splicing - Major Pathway / female germ-line sex determination / small nuclear ribonucleoprotein complex / poly(U) RNA binding / U2 snRNP / U1 snRNP / oogenesis / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNA binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Weber, G. / Holton, N. / Hall, K.B. / DeKoster, G. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular principles underlying dual RNA specificity in the Drosophila SNF protein.
著者: Weber, G. / DeKoster, G.T. / Holton, N. / Hall, K.B. / Wahl, M.C.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1-SL2
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1-SL2
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
F: U1-SL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4367
ポリマ－54,2476
非ポリマー1891
水6,810378
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1-SL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2713
ポリマ－18,0822
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
2
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1-SL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0822
ポリマ－18,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
3
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
F: U1-SL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0822
ポリマ－18,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.705, 150.028, 133.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-157-

HOH

21E-185-

HOH

31F-103-

HOH

41F-121-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Sex determination protein snf


分子量: 11082.006 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: snf, D25, fs(1)1621, liz, CG4528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43332
#2: RNA鎖 U1-SL2


分子量: 7000.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: 0.2 M tri-lithium citrate, 20 % (w/v) PEG 3350 and 15 mM NiCl2 as an additive

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 39021 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→38.302 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 1951 5 %
Rwork0.1695 --
obs0.1716 39017 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 1395 13 378 4002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2595500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4771676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9973-2.04730.38041340.30052556X-RAY DIFFRACTION98
2.0473-2.10260.32611380.24122616X-RAY DIFFRACTION100
2.1026-2.16450.26991380.22972631X-RAY DIFFRACTION100
2.1645-2.23430.28421370.21482598X-RAY DIFFRACTION100
2.2343-2.31420.23291380.20572628X-RAY DIFFRACTION100
2.3142-2.40680.23541380.1912608X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.51630.24131390.1822657X-RAY DIFFRACTION100
2.5163-2.6490.26341380.17822622X-RAY DIFFRACTION100
2.649-2.81490.24131390.18242639X-RAY DIFFRACTION100
2.8149-3.03210.2371400.19622652X-RAY DIFFRACTION100
3.0321-3.33710.19711410.16662679X-RAY DIFFRACTION100
3.3371-3.81960.18461410.15292684X-RAY DIFFRACTION100
3.8196-4.81080.1691420.13192691X-RAY DIFFRACTION100
4.8108-38.30890.18031480.14842805X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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