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万見
- PDB-6f4d: Structure of the Y21F variant of quinolinate synthase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f4d
タイトルStructure of the Y21F variant of quinolinate synthase in complex with PGH
要素Quinolinate synthase A
キーワードTRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / IRON SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NadA-like / Quinolinate synthetase A / Quinolinate synthase A, type 2 / Quinolinate synthetase A superfamily / Quinolinate synthetase A protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Quinolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE18-0026 フランス
引用
ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystallographic Trapping of Reaction Intermediates in Quinolinic Acid Synthesis by NadA.
著者: Volbeda, A. / Saez Cabodevilla, J. / Darnault, C. / Gigarel, O. / Han, T.H. / Renoux, O. / Hamelin, O. / Ollagnier-de-Choudens, S. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Quinolinate Synthase in Complex with a Substrate Analogue, the Condensation Intermediate, and Substrate-Derived Product.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of Fe4S4 quinolinate synthase unravels an enzymatic dehydration mechanism that uses tyrosine and a hydrolase-type triad.
著者: Cherrier, M.V. / Chan, A. / Darnault, C. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3896
ポリマ－34,6411
非ポリマー7485
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.970, 49.170, 69.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-585-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Quinolinate synthase A


分子量: 34640.598 Da / 分子数: 1 / 変異: K219R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: nadA, TM_1644 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X7, quinolinate synthase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / ホスホグリコロヒドロキサム酸


分子量: 171.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO6P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: PEG33500, ammonium sulfate, oxaloacetate, DHAP, NaF, anaerobic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.95 Å / Num. obs: 22406 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.070.89521930.4690.6171.09299.1
7.75-43.950.0324160.9970.0210.03998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P3X

4p3x


解像度: 2→39.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.788 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.174
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 1156 5.2 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1943 21244 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.37 Å2 / Biso mean: 36.997 Å2 / Biso min: 21.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20.96 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 30 189 2635
Biso mean--39.92 42.32 -
残基数----304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9963423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3373.0015753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1275313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89424.667105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70115488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8611513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02450
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 85 -
Rwork0.326 1561 -
all-1646 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03510.232-0.30630.4465-0.01580.9374-0.05330.07120.0237-0.03530.0720.00090.029-0.1594-0.01870.0046-0.0112-0.00260.05040.01730.020890.1138-6.186483.1329
20.87910.09990.00820.45840.1540.8375-0.01240.018-0.01240.0018-0.01720.0128-0.0452-0.01710.02960.00910.0104-0.00290.0195-0.00870.0169109.34096.046695.4671
30.3202-0.22680.16810.6231-0.53061.08760.0006-0.00040.027-0.0744-0.0012-0.02170.05060.05140.00050.0176-0.00540.01180.0193-0.00630.0258112.0976-0.914770.3912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1A254 - 279
3X-RAY DIFFRACTION2A81 - 167
4X-RAY DIFFRACTION2A280 - 298
5X-RAY DIFFRACTION3A168 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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