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万見
- PDB-6f2t: Crystal structure of ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2t
タイトルCrystal structure of ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase-3 (NPP3)
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
キーワードHYDROLASE / enzyme / ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of smooth muscle cell differentiation / basophil activation involved in immune response / GTP diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / dinucleotide phosphatase activity / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / nucleoside triphosphate catabolic process ...regulation of smooth muscle cell differentiation / basophil activation involved in immune response / GTP diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / dinucleotide phosphatase activity / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / nucleoside triphosphate catabolic process / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / negative regulation of mast cell proliferation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / ATP diphosphatase activity / phosphate ion homeostasis / phosphodiesterase I activity / phosphate-containing compound metabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / nucleic acid binding / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / zinc ion binding / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease ...Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dohler, C. / Zebisch, M. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation477/13-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and substrate binding mode of ectonucleotide phosphodiesterase/pyrophosphatase-3 (NPP3).
著者: Dohler, C. / Zebisch, M. / Strater, N.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,66219
ポリマ－170,7992
非ポリマー3,86317
水8,539474
1
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,38110
ポリマ－85,3991
非ポリマー1,9819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2819
ポリマ－85,3991
非ポリマー1,8818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.843, 124.063, 110.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3 / E-NPP 3 / B10 / Phosphodiesterase I beta / PD-Ibeta / Phosphodiesterase I/nucleotide ...E-NPP 3 / B10 / Phosphodiesterase I beta / PD-Ibeta / Phosphodiesterase I/nucleotide pyrophosphatase 3 / RB13-6 antigen


分子量: 85399.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp3, Pdnp3 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GntI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P97675, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase

-
糖 , 3種, 9分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 482分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M KCl, 0.1 M MgAcetate, 0.05 NaCacodylate pH 6.0, 10.2% PEG8000, 1 mM CaCl2, 0.1 mM ZnSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91843 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月5日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.35 Å / Num. obs: 76975 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimless1.6.18データスケーリング
BUSTER2.10.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XR9

2xr9


解像度: 2.4→47.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1539 2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 76975 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.148 Å20 Å21.9452 Å2
2---10.6403 Å20 Å2
3---10.7883 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11524 0 234 476 12234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00712125HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9516536HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4097SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes296HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1728HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12125HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1569SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14072SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 105 1.83 %
Rwork0.232 5627 -
all0.233 5732 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40930.4846-0.26791.1329-0.1660.84750.0652-0.09690.06450.08950.0206-0.04-0.00920.0786-0.0858-0.0866-0.0041-0.0547-0.0673-0.0107-0.1681-11.055210.24633.2181
20.99590.3912-0.01141.3984-0.44791.95010.0496-0.0785-0.0730.00140.10360.20570.3684-0.2187-0.1532-0.1025-0.0859-0.0984-0.02980.0957-0.1176-36.5706-15.426439.7849
31.07280.00070.53130.68520.31791.5837-0.0724-0.06550.02510.0770.1798-0.08650.02570.1921-0.1074-0.11430.0255-0.0393-0.0311-0.0358-0.18114.4882-13.21630.5631
40.9615-0.05550.74521.0691-0.09532.3165-0.02720.06280.02320.01480.16540.1646-0.1545-0.1464-0.1382-0.1371-0.0151-0.013100.0646-0.1187-12.2099-15.6913-25.5591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|140 - A|550}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|551 - A|871}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|140 - B|550}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|551 - B|871}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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