PDB-6f2q: Neutron crystal structure of perdeuterated galectin-3C in the lig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f2q

タイトル

Neutron crystal structure of perdeuterated galectin-3C in the ligand-free form

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / galectin / hydrogen bonding / molecular recognition / perdeuteration

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR /

フーリエ合成 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Manzoni, F. / Blakeley, M.P. / Oksanen, E. / Logan, D.T.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Elucidation of Hydrogen Bonding Patterns in Ligand-Free, Lactose- and Glycerol-Bound Galectin-3C by Neutron Crystallography to Guide Drug Design.
著者: Manzoni, F. / Wallerstein, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Coates, L. / Akke, M. / Blakeley, M.P. / Oksanen, E. / Logan, D.T.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f2q.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f2q.ent.gz	107.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f2q_validation.pdf.gz	380.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f2q_full_validation.pdf.gz	380.8 KB	表示
XML形式データ	6f2q_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	6f2q_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6exyC 6eymSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h23-3 3zsm-d 5nf7-d 5nfc-d 4blj-d 6g0v-d 6qln-d 3zsk-d 6b8k-d 1v2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.390, 58.620, 64.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...

分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12-15% PEG 4000 OR PEG 3000, 0.1M MGCL2, 0.015M BETA MERCAPTOETHANOL, 0.1M TRIS-DCL, PD 7.9, 0.4M NASCN. ALL DISSOLVED IN D2O. CRYSTAL GROWN IN A 15 + 15 MICROLITRE SITTING DROP THAT WAS ...詳細: 12-15% PEG 4000 OR PEG 3000, 0.1M MGCL2, 0.015M BETA MERCAPTOETHANOL, 0.1M TRIS-DCL, PD 7.9, 0.4M NASCN. ALL DISSOLVED IN D2O. CRYSTAL GROWN IN A 15 + 15 MICROLITRE SITTING DROP THAT WAS FIRST EQUILIBRATED FOR 1 WEEK. A SMALL CRYSTAL GROWN AT 20-28% PEG WAS THEN INTRODUCED. THE DROP WAS FED WITH FRESH PROTEIN BY ADDING 3-4 MICROLITRES OF PROTEIN WITH 10 MM LACTOSE EVERY 3-4 DAYS FOR 3 MONTHS. LACTOSE WAS THEN REMOVED IN TWO STEPS, FIRST BY DIALYSING AGAINST 1M GLYCEROL FOR 1 MONTH THEN AGAINST BUFFER WITH NO GLYCEROL FOR 1 MONTH. FOR DETAILS, SEE MANZONI ET AL. (2016).

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12-15% PEG 4000 OR PEG 3000, 0.1M MGCL2, 0.015M BETA MERCAPTOETHANOL, 0.1M TRIS-DCL, PD 7.9, 0.4M NASCN. ALL DISSOLVED IN D2O. CRYSTAL GROWN IN A 15 + 15 MICROLITRE SITTING DROP THAT WAS ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	298	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM30A	1	0.98081
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III	2	3.35-4.35

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2017年3月10日	FOCUSING MIRRORS
	2	IMAGE PLATE	2017年2月15日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98081	1
2	3.35	1
3	4.35	1

反射

Entry-ID: 6F2Q

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)	R_sym value
1.03-28	70173	99.8	14	1	0.044	0.012	1	35.5
1.8-30	9844	83.8	4.9	0.993		0.053	2	8.5	0.132

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.03-1.06	9.3	2.357	1	5138	0.355	0.933	1	99.2
1.8-1.9	3.4	0.194		1177	0.917	0.091	2	67.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
LAUEGEN		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: フーリエ合成 / 位相誤差: 13.66 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 6EYM

6eym

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	σ(F)
1.03-29.31	X-RAY DIFFRACTION	0.1541	0.1373	0.1384	4369	70165	6.23	99.82	1.35
1.757-28.094	NEUTRON DIFFRACTION	0.2107	0.1715	0.1741	735	11785	6.24	80.83

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→29.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1108	0	0	59	1167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.43	4539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.358	716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	379
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2561
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.43	4539
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.358	716
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	188
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	379

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.03-1.0417	0.345	145	0.35	2180	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0417-1.054	0.335	140	0.3015	2117	X-RAY DIFFRACTION	99
1.054-1.0668	0.2649	144	0.2727	2172	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0668-1.0803	0.2564	143	0.2332	2141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0803-1.0946	0.2317	143	0.2068	2154	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0946-1.1095	0.1818	145	0.1922	2179	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1095-1.1254	0.184	144	0.1836	2176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1254-1.1422	0.2075	143	0.1814	2152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1422-1.16	0.2186	145	0.2037	2182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.1791	0.1682	143	0.1689	2158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1791-1.1994	0.1683	145	0.1514	2185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1994-1.2212	0.1428	144	0.135	2164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2212-1.2447	0.132	146	0.1267	2203	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2447-1.2701	0.1349	143	0.1229	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2701-1.2977	0.1344	146	0.1162	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2977-1.3279	0.1531	143	0.1244	2181	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3279-1.3611	0.1291	144	0.1263	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3611-1.3979	0.1675	146	0.1276	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3979-1.4391	0.1487	146	0.1277	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4391-1.4855	0.1408	148	0.1135	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4855-1.5386	0.1382	145	0.112	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5386-1.6002	0.1335	146	0.1079	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6002-1.673	0.1213	145	0.1148	2210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.7612	0.1197	148	0.1166	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7612-1.8715	0.1483	148	0.1175	2215	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8715-2.016	0.1389	146	0.113	2220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.016-2.2188	0.1395	147	0.1229	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2188-2.5397	0.1466	148	0.1424	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5397-3.1992	0.1833	152	0.1593	2272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1992-29.3219	0.1473	158	0.1308	2371	X-RAY DIFFRACTION	99
1.757-1.8926	0.2727	108	0.2505	1749	NEUTRON DIFFRACTION	65
1.8926-2.0831	0.2473	126	0.1876	2011	NEUTRON DIFFRACTION	75
2.0831-2.3843	0.2077	158	0.1681	2193	NEUTRON DIFFRACTION	82
2.3843-3.0035	0.2353	162	0.1775	2400	NEUTRON DIFFRACTION	88
3.0035-28.0979	0.1914	181	0.1598	2697	NEUTRON DIFFRACTION	94

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)