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- PDB-6exy: Neutron crystal structure of perdeuterated galectin-3C in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6exy
タイトルNeutron crystal structure of perdeuterated galectin-3C in complex with glycerol
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / hydrogen bonding / molecular recognition / perdeuteration
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / : / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / フーリエ合成 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Manzoni, F. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Oksanen, E. / Logan, D.T.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
スウェーデン
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Elucidation of Hydrogen Bonding Patterns in Ligand-Free, Lactose- and Glycerol-Bound Galectin-3C by Neutron Crystallography to Guide Drug Design.
著者: Manzoni, F. / Wallerstein, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Coates, L. / Akke, M. / Blakeley, M.P. / Oksanen, E. / Logan, D.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Perdeuteration, crystallization, data collection and comparison of five neutron diffraction data sets of complexes of human galectin-3C.
著者: Manzoni, F. / Saraboji, K. / Sprenger, J. / Kumar, R. / Noresson, A.L. / Nilsson, U.J. / Leffler, H. / Fisher, S.Z. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Coates, L. / Blakeley, M.P. / Oksanen, E. / Logan, D.T.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9242
ポリマ－15,8321
非ポリマー921
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.314, 58.352, 63.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15832.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: Volume approximately 1.0 mm3
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12-15% PEG 4000 OR PEG 3000, 0.1M MGCL2, 0.015M BETA MERCAPTOETHANOL, 0.1M TRIS-DCL, PD 7.9, 0.4M NaSCN. All dissolved in D2O. Crystal grown in a 15 + 15 microlitre sitting drop that was ...詳細: 12-15% PEG 4000 OR PEG 3000, 0.1M MGCL2, 0.015M BETA MERCAPTOETHANOL, 0.1M TRIS-DCL, PD 7.9, 0.4M NaSCN. All dissolved in D2O. Crystal grown in a 15 + 15 microlitre sitting drop that was first equilibrated for 1 week. A small crystal grown at 20-28% PEG was introduced. The drop was fed with fresh protein by adding 3-4 micro litres of protein with 10 mM lactose every 3-4 days for 3 months. Then the lactose was exchanged for glycerol by dialysis for at least one month against 10% glycerol (1.37 M), 24% PEG 4000 in the same buffer. For details see Manzoni et al. (2016).

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I911-311
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF22.67
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2016年5月15日
BIODIFF2IMAGE PLATE2015年11月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2PG(002)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.671
反射

Biso Wilson estimate: 11.45 Å2 / Entry-ID: 6EXY

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.1-43.1544149512.310.0680.02120.2
1.65-28.21659294.73.10.1350.08725.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible allNum. unique obs
1.1-1.1271.2591.40.7260.543191.5
1.65-1.712.60.4991.62901544

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化

SU ML: 0.0845 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: フーリエ合成 / 位相誤差: 14.161 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 開始モデル: 3ZSJ

3zsj

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.1-31.93X-RAY DIFFRACTION15.310.13730.12310.12392751543475.0694.7911.34
1.7-28.2NEUTRON DIFFRACTION0.18730.15020.1522782151785.1595.32
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→31.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 6 101 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73514674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1292190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6582730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.120.22151280.25532431X-RAY DIFFRACTION91.16
1.12-1.140.24911170.24072466X-RAY DIFFRACTION91.5
1.14-1.160.24631430.22222448X-RAY DIFFRACTION91.55
1.16-1.180.25061320.21462470X-RAY DIFFRACTION92.6
1.18-1.210.19961450.20162499X-RAY DIFFRACTION92.42
1.21-1.240.21211280.18692506X-RAY DIFFRACTION92.88
1.24-1.270.21341170.16842502X-RAY DIFFRACTION93.3
1.27-1.30.15011530.14682526X-RAY DIFFRACTION94
1.3-1.340.18391340.14312532X-RAY DIFFRACTION93.71
1.34-1.390.14481230.13442575X-RAY DIFFRACTION94.01
1.39-1.440.13441540.12312526X-RAY DIFFRACTION94.97
1.44-1.490.14461260.1052598X-RAY DIFFRACTION95.41
1.49-1.560.11981460.09652597X-RAY DIFFRACTION95.91
1.56-1.640.1081380.09972623X-RAY DIFFRACTION96.34
1.64-1.750.1181210.09582637X-RAY DIFFRACTION96.37
1.75-1.880.11491360.09882671X-RAY DIFFRACTION96.83
1.88-2.070.10151630.0952646X-RAY DIFFRACTION97.4
2.07-2.370.13511410.10462711X-RAY DIFFRACTION98.24
2.37-2.990.14231500.12292764X-RAY DIFFRACTION98.78
2.99-31.930.11871560.11632868X-RAY DIFFRACTION97.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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