PDB-6f12: GLIC mutant E181A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f12

タイトル

GLIC mutant E181A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f12.cif.gz	655.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f12.ent.gz	552 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f12_validation.pdf.gz	1019.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f12_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6f12_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	6f12_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f12	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hy5-d 6f0z-d 6f0m-d 6f10-d 4qh1-d 6f0j-d 6f0u-d 3tlv-d 4hfi-d 6f15-d 6hpp-d 6hjb-d 3uub-1 6f11-d 6hyx-d 4il4-d 4hfh-d 6hzw-d 5osb-d 3p4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

186 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.210, 132.140, 159.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36219.688 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH4 400 NaSCN 12-15% PEG4000 15% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.63 Å / Num. obs: 61659 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 110.51 Å² / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.732 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.605 / SU R_free Blow DPI: 0.297 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.312

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2134	3116	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2008	-	-	-
obs	0.2014	61419	99.87 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4143 Å²	0 Å²	17.9941 Å²
2-	-	-11.6233 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.0375 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12660	0	183	36	12879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13153	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	17927	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4420	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1894	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13153	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.76
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.94
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1771	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14575	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3123	222	4.91 %
R_work	0.2897	4297	-
all	0.2908	4519	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7054	-0.2154	2.207	0.9743	-0.232	4.0072	-0.0424	-0.1383	0.153	0.048	0.0804	0.0838	-0.4157	-0.2438	-0.038	0.4212	0.0875	-0.3368	-0.243	-0.0062	-0.1721	40.3591	-6.7947	29.8923
2	2.7852	0.2163	2.7733	0.9438	0.5881	3.843	0.1018	-0.3314	-0.1477	0.1182	-0.0286	0.1718	-0.0089	-0.4303	-0.0732	0.1241	0.0312	-0.2504	0.0575	0.0919	-0.178	28.4545	-27.9061	36.242
3	1.2475	0.1651	1.4677	1.4584	1.0393	4.0609	0.232	-0.149	-0.3804	-0.0694	-0.0137	0.128	0.2298	-0.1224	-0.2183	0.3348	0.0051	-0.4907	-0.2891	0.0754	-0.0523	42.1453	-47.5372	29.0474
4	1.098	0.2016	0.9927	1.3748	0.101	4.7625	0.0303	0.0822	-0.2133	-0.2188	0.1128	-0.1217	-0.0468	0.4114	-0.143	0.1907	0.1409	-0.391	-0.1576	-0.112	-0.0616	62.7962	-38.4663	17.811
5	1.3765	-0.2571	1.6627	1.2865	-1.0352	4.979	-0.0762	0.0659	0.0615	-0.1923	0.1568	-0.0302	-0.2491	0.4459	-0.0806	0.3653	-0.1713	-0.393	-0.2155	-0.0142	-0.1562	61.6894	-13.3814	18.5548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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