PDB-6f0z: GLIC mutant D88N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0z

タイトル

GLIC mutant D88N

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0z.cif.gz	643.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0z.ent.gz	535 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0z_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0z_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6f0z_validation.xml.gz	52.5 KB	表示
CIF形式データ	6f0z_validation.cif.gz	72.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0m-d 6hy5-d 6hyw-d 6f12-d 3eam-d 4ila-d 6hzw-d 6hz1-d 6f0n-d 6hja-d 6f15-d 3uub-1 6f0u-d 6f10-d 3p50-d 4zzb-d 4il4-d 6hj3-d 4ilb-d 3p4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

187 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.930, 133.600, 160.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36276.738 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 12% PEG4K, 15% glycerol, 100 mM Acetate de Sodium pH4, 400 mM Sodium isothiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.65 Å / Num. obs: 128919 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 69 Å² / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9248 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9241 / SU R Cruickshank DPI: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.206 / SU R_free Blow DPI: 0.169 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.178

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	6511	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2173	-	-	-
obs	0.2178	128678	99.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5532 Å²	0 Å²	15.1463 Å²
2-	-	-4.1296 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.6828 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.407 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12655	0	183	36	12874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13151	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	17926	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4423	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1892	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13151	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.22
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1766	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14357	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	491	5.19 %
R_work	0.2737	8972	-
all	0.2751	9463	-
obs	-	-	98.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9184	-0.1768	0.7496	0.6543	-0.2827	2.0226	-0.015	-0.0644	0.0828	-0.0046	0.0652	0.0728	-0.2452	-0.2242	-0.0502	0.017	0.0592	-0.0894	-0.1014	0.012	-0.1243	40.3591	-6.7947	29.8921
2	1.6144	0.0144	1.4046	0.5276	0.0624	2.2461	0.086	-0.0431	-0.114	0.057	-0.0132	0.1252	0.0283	-0.1981	-0.0728	-0.1057	0.0229	-0.0576	0.0084	0.0061	-0.1037	28.4545	-27.9061	36.242
3	1.0785	0.1046	0.9987	0.6361	0.27	2.3095	0.1109	0.065	-0.2276	0.0138	-0.0332	0.0542	0.2471	-0.0128	-0.0777	-0.0465	0.0166	-0.1197	-0.1153	-0.0264	-0.0761	42.1453	-47.5372	29.0474
4	0.8262	0.109	0.6697	0.666	0.5007	2.6044	-0.0182	0.1123	-0.0846	-0.1552	0.0044	-0.0819	-0.1496	0.1744	0.0138	-0.0526	0.0416	-0.0821	-0.1133	-0.0442	-0.108	62.7962	-38.4663	17.811
5	0.7185	-0.1229	0.5298	0.6046	-0.3323	2.2112	-0.015	0.04	0.123	-0.0934	-0.0327	-0.1161	-0.175	-0.0055	0.0477	0.0244	-0.0203	-0.0831	-0.1188	0.0181	-0.0998	61.6894	-13.3814	18.5548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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