PDB-6f0u: GLIC mutant E35A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0u

タイトル

GLIC mutant E35A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0u.cif.gz	660.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0u.ent.gz	552.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0u_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0u_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6f0u_validation.xml.gz	59 KB	表示
CIF形式データ	6f0u_validation.cif.gz	79.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hzw-d 6f10-d 6hyw-d 4il4-d 4ila-d 6hy5-d 6f15-d 6f0m-d 4hfh-d 6f12-d 4npp-d 6f0z-d 6f0j-d 5hcj-d 6hjz-2 4hfi-d 6hyx-d 6hj3-d 3eam-d 3tlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

191 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.840, 133.060, 158.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-542- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36219.688 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 12% PEG4K, 15% glycerol, 100 mM Acetate de Sodium pH4, 400 mM Sodium isothiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→48.89 Å / Num. obs: 148853 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 56.66 Å² / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.35→27.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9215 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.182 / SU R_free Blow DPI: 0.158 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.165

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2326	7454	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2175	-	-	-
obs	0.2183	148764	97.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9218 Å²	0 Å²	6.7992 Å²
2-	-	-4.6982 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.62 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.412 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→27.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12660	0	415	236	13311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13381	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	18195	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4604	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1910	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13381	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1775	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15217	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2683	571	5.16 %
R_work	0.2558	10494	-
all	0.2564	11065	-
obs	-	-	98.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8375	-0.1924	0.7717	0.6241	-0.2497	1.7167	-0.0006	-0.0266	0.0895	-0.028	0.0657	0.0808	-0.1064	-0.1241	-0.0651	0.1636	0.0272	-0.2473	-0.1371	0.0286	-0.056	40.7676	-6.7424	30.291
2	1.2721	0.0925	1.3725	0.5434	0.159	2.1133	0.0327	-0.0441	-0.0592	0.0655	-0.014	0.164	-0.0346	-0.1535	-0.0187	0.0227	0.0054	-0.208	-0.021	0.0122	-0.0549	28.7238	-27.9036	36.2757
3	0.8638	0.2118	1.0569	0.5604	0.4489	2.4205	0.0414	0.0252	-0.1691	-0.0182	-0.0439	0.0817	0.0948	-0.0312	0.0025	0.1419	0.0303	-0.2959	-0.1578	-0.0399	-0.013	42.6173	-47.5375	29.176
4	0.6727	0.0488	0.768	0.4777	0.405	2.6415	0.0309	0.0501	-0.098	-0.1262	-0.0137	-0.0698	-0.0247	0.0795	-0.0172	0.1636	0.0324	-0.2423	-0.1426	-0.0437	-0.0505	63.3665	-38.461	18.0494
5	0.527	-0.084	0.4894	0.7081	-0.5347	1.9029	-0.0109	0.0261	0.1024	-0.1187	-0.0123	-0.1205	-0.0142	0.0283	0.0232	0.175	-0.016	-0.2224	-0.1489	0.006	-0.0624	62.1425	-13.2036	18.8251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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