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万見
- PDB-6f0g: Crystal structure ASF1-ip3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0g
タイトルCrystal structure ASF1-ip3
要素
  • Histone chaperone ASF1A
  • ip3
キーワードCHAPERONE / protein-peptide complexe
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding ...histone chaperone activity / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gaubert, A. / Guichard, B. / Richet, N. / Le Du, M.H. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ochsenbein, F.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
French National Research AgencyBREAKABOUND フランス
French National Research AgencyCHAPINHIB フランス
French National Research AgencyFRISBI フランス
French National Research AgencyBIPBIP フランス
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Design on a Rational Basis of High-Affinity Peptides Inhibiting the Histone Chaperone ASF1.
著者: Bakail, M. / Gaubert, A. / Andreani, J. / Moal, G. / Pinna, G. / Boyarchuk, E. / Gaillard, M.C. / Courbeyrette, R. / Mann, C. / Thuret, J.Y. / Guichard, B. / Murciano, B. / Richet, N. / ...著者: Bakail, M. / Gaubert, A. / Andreani, J. / Moal, G. / Pinna, G. / Boyarchuk, E. / Gaillard, M.C. / Courbeyrette, R. / Mann, C. / Thuret, J.Y. / Guichard, B. / Murciano, B. / Richet, N. / Poitou, A. / Frederic, C. / Le Du, M.H. / Agez, M. / Roelants, C. / Gurard-Levin, Z.A. / Almouzni, G. / Cherradi, N. / Guerois, R. / Ochsenbein, F.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone ASF1A
B: Histone chaperone ASF1A
C: ip3
D: ip3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6066
ポリマ－41,4144
非ポリマー1922
水3,297183
1
A: Histone chaperone ASF1A
C: ip3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8033
ポリマ－20,7072
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
2
B: Histone chaperone ASF1A
D: ip3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8033
ポリマ－20,7072
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.470, 73.470, 343.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-356-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / hCIA


分子量: 17927.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: タンパク質・ペプチド ip3


分子量: 2779.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: rational design / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Citrate 0.1M pH 2.5, LiSO4 0.25M, PEG8000 7%

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 16434 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 28.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1299 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.3→38.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9074 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8756 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 1009 5.39 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.2129 16434 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8208 Å20 Å20 Å2
2--3.8208 Å20 Å2
3----7.6416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.303 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 10 183 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012930HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.163994HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d984SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2930HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion372SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3361SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 183 6.24 %
Rwork0.2274 2752 -
all0.2304 2935 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50980.2629-0.47851.36510.27820.6816-0.09510.3812-0.0659-0.15450.013-0.0047-0.0434-0.05670.0821-0.15970.00010.0069-0.118-0.0070.078820.989519.002627.296
22.19880.16040.11521.6987-0.30421.0512-0.07160.25010.0517-0.10350.03310.02550.01860.0070.0385-0.15380.0002-0.0068-0.1444-0.00720.08515.737744.661227.2591
33.5749-0.0565-1.35113.1381-0.13232.7817-0.14870.2098-0.26170.29850.1439-0.04020.2160.04040.0048-0.28990.0263-0.0193-0.1883-0.03040.30414.24037.461931.5794
44.76870.47892.1764.8928-2.08134.1477-0.05610.14830.03860.14420.058-0.125-0.3578-0.0665-0.0019-0.22670.00870.0258-0.25740.01220.30222.52156.232331.6525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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