[日本語] English
万見
- PDB-6f08: 14-3-3 zeta in complex with the human Son of sevenless homolog 1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f08
タイトル14-3-3 zeta in complex with the human Son of sevenless homolog 1 (SOS1)
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / SOS1 / dimer / phosphosite
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / synaptic target recognition / regulation of pro-B cell differentiation / Golgi reassembly / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / heart trabecula morphogenesis ...midbrain morphogenesis / synaptic target recognition / regulation of pro-B cell differentiation / Golgi reassembly / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / heart trabecula morphogenesis / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Rap1 signalling / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / negative regulation of protein localization to nucleus / blood vessel morphogenesis / Signaling by LTK / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / GP1b-IX-V activation signalling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / roof of mouth development / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SHC1 events in ERBB4 signaling / Interleukin receptor SHC signaling / hair follicle development / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Signalling to RAS / Signal attenuation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / MET activates RAS signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Erythropoietin activates RAS / cellular response to glucose starvation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / negative regulation of TORC1 signaling / Tie2 Signaling / ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / myelination / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / GTPase activator activity / Insulin receptor signalling cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lung development / protein sequestering activity / axon guidance
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein zeta/delta / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ballone, A. / Centorrino, F. / Ottmann, C. / Guo, S. / Leysen, S.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGrant Agreement 675179 オランダ
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of 14-3-3 zeta in complex with the human Son of sevenless homolog 1 (SOS1).
著者: Ballone, A. / Centorrino, F. / Wolter, M. / Ottmann, C.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
D: Son of sevenless homolog 1
I: 14-3-3 protein zeta/delta
J: 14-3-3 protein zeta/delta
K: Son of sevenless homolog 1
N: Son of sevenless homolog 1
Q: Son of sevenless homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5959
ポリマ－111,3578
非ポリマー2381
水12,484693
1
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
D: Son of sevenless homolog 1
Q: Son of sevenless homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9175
ポリマ－55,6794
非ポリマー2381
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
2
I: 14-3-3 protein zeta/delta
J: 14-3-3 protein zeta/delta
K: Son of sevenless homolog 1
N: Son of sevenless homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6794
ポリマ－55,6794
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.059, 93.140, 74.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26316.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド
Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 1522.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07889
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 36% (v/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→74.42 Å / Num. obs: 68382 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 2.34
反射 シェル解像度: 1.9→1.949 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QJB

1qjb


解像度: 1.9→74.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 4.791 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26732 3615 5 %RANDOM
Rwork0.21003 ---
obs0.21282 68382 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0 Å2-0.08 Å2
2--1.78 Å2-0 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→74.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7110 0 16 693 7819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7751.9759734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0853.00115099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24624.769325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.398151234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3311548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6122.6823682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.612.6823681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8523.994572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8523.9914573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0682.9143532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0672.9143532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6164.2595163
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.66332.7348710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.45332.2788513
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 287 -
Rwork0.265 5011 -
obs--99.92 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る