PDB-6f03: The crystal structure of secreted antigen BPSL2520

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f03

タイトル

The crystal structure of secreted antigen BPSL2520

要素

BPSL2520

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antigen / Burkholderia / putative exported protein

機能・相同性

Domain of unknown function DUF2059 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2059) / ACETATE ION / Putative exported protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of secreted antigen BPSL2520
著者: Gourlay, L.J.

履歴

登録	2017年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f03.cif.gz	251.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f03.ent.gz	212.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f03_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f03_full_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示
XML形式データ	6f03_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	6f03_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6lxm-d 2x1p-d 5ave-1 3gvy-d 5ot8-d 3njh-d 5bnv-d 1bns-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BPSL2520

B: BPSL2520

C: BPSL2520

D: BPSL2520

ヘテロ分子

87.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BPSL2520

B: BPSL2520

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: BPSL2520

D: BPSL2520

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.955, 52.731, 136.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BPSL2520 分子量: 21725.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌) 遺伝子: BPSL2520 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q63S01
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30 % PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1M HEPES pH 7.0. 20% glycerol added for cryoprotection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 240723 / Num. obs: 36157 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 35764 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155-0000)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.954 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	1814	5.03 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2045	36071	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4871	0	29	85	4985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	6749
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.734	3132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	782
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2595	0.3143	139	0.259	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2595-2.326	0.2784	134	0.2338	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.326-2.4011	0.2763	141	0.2315	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4011-2.4869	0.273	125	0.227	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4869-2.5864	0.2995	142	0.2389	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5864-2.7041	0.3246	135	0.2335	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7041-2.8466	0.2482	139	0.2273	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8466-3.0249	0.3029	142	0.2181	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0249-3.2584	0.233	139	0.221	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2584-3.5861	0.2558	141	0.2006	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5861-4.1045	0.2319	144	0.1779	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1045-5.1693	0.2039	144	0.1676	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1693-38.9604	0.1987	149	0.1822	2722	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9275	-0.1057	-0.6635	0.7585	-0.3557	0.5445	0.0806	-0.0723	0.0603	0.0456	0.0996	-0.0749	0.0438	0.1283	0.0037	0.1596	-0.022	-0.0032	0.1966	-0.0046	0.2626	-19.9862	2.3689	90.4819
2	0.5034	-0.2436	-0.5725	0.3781	0.1548	0.4206	0.0558	-0.0498	0.1223	0.1804	0.0708	-0.0578	-0.0945	0.0601	0	0.244	-0.021	-0.0305	0.1745	-0.0153	0.2676	-19.3765	1.9525	89.1919
3	-0.1829	-0.3898	0.2132	0.0108	0.1513	0.0245	0.1026	-0.1636	-0.0951	0.2183	-0.0018	-0.0316	0.604	-0.2427	0.004	0.2885	-0.0244	-0.0118	0.299	-0.0019	0.2236	5.455	3.5462	95.8283
4	0.109	0.1159	0.6851	0.298	-0.0833	0.8641	0.0111	-0.0439	-0.0209	0.0546	0.0884	-0.0152	-0.0992	0.0003	0.0002	0.2404	0.0263	-0.0174	0.2498	-0.0097	0.2572	6.6228	7.8552	93.1453
5	-0.1886	-0.1033	-0.2111	-0.1161	-0.2418	0.1914	0.112	-0.1945	0.0301	0.298	-0.1004	-0.1633	-0.2298	0.1941	0.0005	0.3581	-0.0391	0.0319	0.3376	-0.0288	0.2816	-19.2176	6.6765	92.8646
6	0.3997	-0.0388	-0.8552	0.4751	-0.2972	0.8302	-0.0247	0.0854	-0.0418	-0.1752	0.0551	0.1377	0.6558	-0.041	0.0034	0.4164	-0.0155	-0.0352	0.3445	0.003	0.2967	16.1512	1.3019	29.0947
7	-0.1465	-0.243	0.1706	-0.2851	-0.0921	0.0756	0.0337	0.0755	-0.0215	-0.0683	0.0213	-0.0688	0.0642	0.0228	0	0.3943	-0.0182	-0.0071	0.298	0.0314	0.2382	-6.1349	3.5891	35.6791
8	-0.2161	0.1103	0.7898	0.1346	0.2922	1.1014	0.0083	0.0504	0.0783	-0.0623	0.0427	0.0225	-0.4444	0.0733	0.0001	0.4494	-0.009	-0.0176	0.3999	0.0358	0.3224	-11.5767	8.2064	25.5009
9	0.5153	-0.3547	-0.0116	-0.2347	0.1616	0.2891	0.0828	0.058	0.0072	-0.1074	-0.0079	0.0502	-0.0088	0.087	0.018	0.4225	-0.0033	0.0303	0.2786	-0.0035	0.2578	8.0792	6.2556	36.9618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 194 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 34 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 151 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 36 through 135 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 136 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 36 through 135 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 136 through 195 )

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