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- PDB-6ezt: Crystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase D437A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezt
タイトルCrystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase D437A inactive mutant from Vibrio harveyi
要素Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
キーワードHYDROLASE / N-acetylglucosamine / inactive mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Porfetye, A.T. / Meekrathok, P. / Burger, M. / Vetter, I.R. / Suginta, W.
資金援助 タイ, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Thailand Research FundPHD00842550 タイ
DAADBRG578001 ドイツ
Thailand Research FundA/10/98020 タイ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase from Vibrio harveyi
著者: Meekrathok, P. / Porfetye, A.T. / Burger, M. / Vetter, I.R. / Suginta, W.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
B: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,1106
ポリマ－148,5092
非ポリマー6014
水7,638424
1
A: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5553
ポリマ－74,2551
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5553
ポリマ－74,2551
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.420, 129.240, 98.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2


分子量: 74254.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): Escherichia coli type strain M15 (pREP4)
参照: UniProt: D9ISE0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.4 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→91.09 Å / Num. obs: 63617 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.861 % / Biso Wilson estimate: 56.757 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.677.1020.7752.1846750.8650.83599.7
2.67-2.747.0690.6032.7145700.9210.65199.8
2.74-2.826.9810.4733.2844500.9630.51199.7
2.82-2.916.8430.3933.9643320.9630.42599.8
2.91-36.5360.3244.7341960.9720.352100
3-3.116.7540.2665.8640240.9760.28899.7
3.11-3.226.8190.2217.0738900.9830.239100
3.22-3.367.0720.1738.9637660.9890.18799.9
3.36-3.517.060.14310.8236390.9910.15599.8
3.51-3.686.9480.12512.4134520.9920.13599.8
3.68-3.886.6680.11113.4232830.9910.12199.8
3.88-4.116.6020.10314.7331020.990.11399.8
4.11-4.396.8990.09716.2829400.9940.105100
4.39-4.757.0430.09417.5827220.9910.10199.5
4.75-5.26.8740.09217.7525220.9920.1100
5.2-5.816.4550.09116.8122790.9910.09999.5
5.81-6.716.6760.09417.1920010.990.10299.9
6.71-8.226.9990.08818.7117130.9920.09599.4
8.22-11.636.4890.0819.413260.990.08799.6
11.63-91.096.7960.07520.277350.9930.08198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EZR

6ezr


解像度: 2.6→91.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 23.637 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.264
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 3180 5 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.197 60437 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.18 Å2 / Biso mean: 64.279 Å2 / Biso min: 31.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å2-0 Å22.04 Å2
2---6.58 Å20 Å2
3---2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→91.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10280 0 40 426 10746
Biso mean--94.27 56.42 -
残基数----1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.94714414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.907322718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69351282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22424.194527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.379151751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.851564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022504
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 232 -
Rwork0.322 4431 -
all-4663 -
obs--99.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.899 Å / Origin y: 13.1174 Å / Origin z: 27.4451 Å
111213212223313233
T0.017 Å20.0061 Å20.0135 Å2-0.0275 Å20.0145 Å2--0.0464 Å2
L0.1345 °20.0474 °20.0762 °2-0.2228 °20.1228 °2--0.2286 °2
S-0.0028 Å °-0.0087 Å °-0.0467 Å °-0.0099 Å °0.0628 Å °-0.0028 Å °-0.0425 Å °-0.0089 Å °-0.06 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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