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- PDB-6ezs: Crystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezs
タイトルCrystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase from Vibrio harveyi in complex with N-acetylglucosamine
要素Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
キーワードHYDROLASE / N-acetylglucosamine / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Porfetye, A.T. / Meekrathok, P. / Burger, M. / Vetter, I.R. / Suginta, W.
資金援助 タイ, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Thailand Research FundPHD00842550 タイ
DAADBRG578001 ドイツ
Thailand Research FundA/10/98020 タイ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GH20 Exo beta-N-Acetylglucosaminidase from Vibrio harveyi
著者: Meekrathok, P. / Porfetye, A.T. / Burger, M. / Vetter, I.R. / Suginta, W.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
B: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7346
ポリマ－149,0882
非ポリマー6474
水15,943885
1
A: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8673
ポリマ－74,5441
非ポリマー3232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8673
ポリマ－74,5441
非ポリマー3232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.250, 129.630, 100.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylglucosaminidase Nag2


分子量: 74543.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): strain M15 (pREP4) / 参照: UniProt: D9ISE0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.4 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.02 Å / Num. obs: 72950 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4.53 % / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique obs: 5403 / CC1/2: 0.85 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ezr

6ezr


解像度: 2.5→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 19 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 3648 5 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs0.2024 69303 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.99 Å2 / Biso mean: 35.901 Å2 / Biso min: 12.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20.03 Å2
2---1.19 Å2-0 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10286 0 44 885 11215
Biso mean--30.88 34.99 -
残基数----1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.94914479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.086322726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69251288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80924.237531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.017151762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2191564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022513
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 269 -
Rwork0.286 5119 -
all-5388 -
obs--99.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.417 Å / Origin y: -13.1528 Å / Origin z: 17.8095 Å
111213212223313233
T0.004 Å20.002 Å20.0056 Å2-0.0104 Å2-0.001 Å2--0.0111 Å2
L0.0327 °2-0.0159 °20.0181 °2-0.1066 °2-0.0339 °2--0.0417 °2
S-0.0031 Å °0.0047 Å °-0.0107 Å °0.0045 Å °0.0192 Å °-0.0025 Å °-0.0106 Å °-0.0017 Å °-0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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