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- PDB-6eyt: Crystal structure of the Salmonella effector SseK3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eyt
タイトルCrystal structure of the Salmonella effector SseK3 in complex with UDP-GlcNAc and Manganese
要素Type III secretion system effector protein
キーワードTOXIN / Glycosyltransferase / GlcNAc / effector protein
機能・相同性transferase activity / nucleotide binding / metal ion binding / IODIDE ION / : / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Esposito, D. / Rittinger, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001142 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the glycosyltransferase activity of theSalmonellaeffector SseK3.
著者: Esposito, D. / Gunster, R.A. / Martino, L. / El Omari, K. / Wagner, A. / Thurston, T.L.M. / Rittinger, K.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system effector protein
B: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,51212
ポリマ－73,6432
非ポリマー1,86810
水5,134285
1
A: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7566
ポリマ－36,8221
非ポリマー9345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type III secretion system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7566
ポリマ－36,8221
非ポリマー9345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.970, 85.940, 96.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Type III secretion system effector protein


分子量: 36821.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: sseK3, SL1344_1928 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NMP8
#5: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 293分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→48.01 Å / Num. obs: 30891 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1806 / Rpim(I) all: 0.0785 / Rrim(I) all: 0.1974 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.034 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. measured obs: 10819 / Num. unique all: 2847 / CC1/2: 0.55 / Rpim(I) all: 0.564 / Rrim(I) all: 1.185 / % possible all: 91.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.21→48.01 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 1530 4.95 %
Rwork0.1963 --
obs0.1985 30886 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 86 285 5311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7776950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0573044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.28130.28171070.26562472X-RAY DIFFRACTION91
2.2813-2.36290.3171300.26062577X-RAY DIFFRACTION97
2.3629-2.45750.32461420.24352641X-RAY DIFFRACTION99
2.4575-2.56930.27621310.23712656X-RAY DIFFRACTION100
2.5693-2.70480.23551370.22062685X-RAY DIFFRACTION100
2.7048-2.87420.26051480.21582640X-RAY DIFFRACTION99
2.8742-3.09610.25961410.2142705X-RAY DIFFRACTION100
3.0961-3.40760.2231410.18732668X-RAY DIFFRACTION100
3.4076-3.90050.21551660.17252726X-RAY DIFFRACTION100
3.9005-4.91340.22971380.15092735X-RAY DIFFRACTION100
4.9134-48.02630.21351490.19142851X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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