PDB-6exr: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY FROM Pyrococcus horikoshiI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6exr

タイトル

CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY FROM Pyrococcus horikoshiI

要素

120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN

機能・相同性

histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay sensor kinase activity / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Paithankar, K.S. / Enderle, M.E. / Wirthensohn, D. / Grininger, M. / Oesterhelt, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structure of the archaeal chemotaxis protein CheY in a domain-swapped dimeric conformation.
著者: Paithankar, K.S. / Enderle, M. / Wirthensohn, D.C. / Miller, A. / Schlesner, M. / Pfeiffer, F. / Rittner, A. / Grininger, M. / Oesterhelt, D.

履歴

登録	2017年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6exr.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6exr.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6exr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6exr_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6exr_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	6exr_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	6exr_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6er7C 1u0sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3458 0501 3egz-1 3hnp-d 2eez-d 1say-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

B: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

C: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

D: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

E: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

F: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

79.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

B: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

C: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

D: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

E: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

F: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

A: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

B: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

C: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

D: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

E: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

F: 120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
158 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.140, 124.370, 73.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	1	Chains A D
4	1	Chains A E
5	1	Chains A F
6	1	Chains B C
7	1	Chains B D
8	1	Chains B E
9	1	Chains B F
10	1	Chains C D
11	1	Chains C E
12	1	Chains C F
13	1	Chains D E
14	1	Chains D F
15	1	Chains E F

#1: タンパク質	120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY) 分子量: 13190.697 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH0482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58193

#1: タンパク質

120aa long hypothetical chemotaxis protein (CheY)

分子量: 13190.697 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0482 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58193

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→68.19 Å / Num. obs: 47836 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 40.95 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1953 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.6 / R_rim(I) all: 1.6 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158 2016/10/03	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1u0s

1u0s

解像度: 2.16→68.193 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.25 / WR_factor R_work: 0.222 / SU B: 7.515 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	2338	-
R_work	0.242	45497	-
all	0.244	-	-
obs	-	47835	98.19 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.263 Å²	0 Å²	1.163 Å²
2-	-	-0.561 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→68.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5344	0	0	0	5344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.992	7218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.01	3	13042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.081	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.784	26.526	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.545	15	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.676	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	10156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	6024
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.062	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.824	5.039	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.821	5.039	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.371	7.542	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.37	7.542	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.067	5.734	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.066	5.734	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.004	8.282	3752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.003	8.282	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.73	59.625	5605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.729	59.628	5606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	6550
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.092	0.05	6552
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.088	0.05	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.108	0.05	6478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.066	0.05	6760
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.114	0.05	6438
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.103	0.05	6576
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.115	0.05	6422
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.103	0.05	6554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.104	0.05	6518
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.093	0.05	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.094	0.05	6530
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.11	0.05	6476
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.097	0.05	6602
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.107	0.05	6486

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.16-2.216	0.377	140	0.35	2818	3548	83.3709	0.343
2.216-2.277	0.436	159	0.385	3107	3524	92.6788	0.378
2.277-2.343	0.436	171	0.326	3221	3402	99.7061	0.294
2.343-2.415	0.317	159	0.292	3154	3314	99.9698	0.257
2.415-2.494	0.334	154	0.291	3035	3196	99.781	0.251
2.494-2.581	0.343	149	0.299	2942	3091	100	0.254
2.581-2.678	0.352	132	0.279	2885	3018	99.9669	0.234
2.678-2.788	0.312	145	0.258	2702	2849	99.9298	0.218
2.788-2.911	0.282	145	0.271	2627	2774	99.9279	0.235
2.911-3.053	0.372	121	0.276	2535	2657	99.9624	0.248
3.053-3.218	0.308	141	0.29	2367	2508	100	0.265
3.218-3.413	0.355	127	0.27	2246	2376	99.8737	0.254
3.413-3.648	0.25	111	0.261	2139	2252	99.9112	0.248
3.648-3.939	0.286	98	0.241	1992	2090	100	0.234
3.939-4.314	0.22	106	0.191	1817	1923	100	0.189
4.314-4.82	0.175	77	0.159	1669	1747	99.9428	0.163
4.82-5.561	0.217	74	0.197	1456	1530	100	0.2
5.561-6.8	0.351	53	0.22	1258	1311	100	0.221
6.8-9.569	0.144	45	0.165	972	1020	99.7059	0.177
9.569-68.193	0.141	31	0.214	555	586	100	0.235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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