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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6exe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DotM cytoplasmic domain (residues 153-380),R217E | ||||||
要素 | IcmP (DotM) | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Membrane protein / secretion system / type 4 secretion system / Legionella pneumophila / coupling complex | ||||||
機能・相同性 | : / protein transport / plasma membrane / Type 4 apparatus protein DotM 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Meir, A. / Waksman, G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Legionella DotM structure reveals a role in effector recruiting to the Type 4B secretion system. 著者: Meir, A. / Chetrit, D. / Liu, L. / Roy, C.R. / Waksman, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6exe.cif.gz | 105.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6exe.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6exe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6exe_validation.pdf.gz | 461.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6exe_full_validation.pdf.gz | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6exe_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6exe_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26480.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5ZYC7 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-MES / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium iodide 0.1 M MES pH 6.5 25% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→53.45 Å / Num. obs: 34191 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 7.88 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.623 / Rsym value: 2.44 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EXB 解像度: 2→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.002 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.709 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→53.45 Å
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拘束条件 |
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