PDB-6exd: Crystal structure of DotM cytoplasmic domain (residues 153-380) S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6exd

タイトル

Crystal structure of DotM cytoplasmic domain (residues 153-380) SeMet derivative

要素

IcmP (DotM)

キーワード

PROTEIN BINDING / Membrane protein / secretion system / type 4 secretion system / Legionella pneumophila

機能・相同性

: / DotM, C-terminal cytoplasmic domain / : / protein transport / plasma membrane / Type 4 apparatus protein DotM

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Meir, A. / Waksman, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Legionella DotM structure reveals a role in effector recruiting to the Type 4B secretion system.
著者: Meir, A. / Chetrit, D. / Liu, L. / Roy, C.R. / Waksman, G.

履歴

登録	2017年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6exd.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6exd.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6exd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6exaC 6exbC 6excC 6exeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6exa-d 6exb-d 3k2d-d 4wyq-d 3s95-d 6exe-d 3k8h-d 5u08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IcmP (DotM)

B: IcmP (DotM)

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IcmP (DotM)

B: IcmP (DotM)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.000, 118.000, 66.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	IcmP (DotM) 分子量: 27024.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5ZYC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0 0.15 M NH4SO4 25 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50.01 Å / Num. obs: 29190 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.97 / R_sym value: 0.253 / Net I/σ(I): 9.11
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC_1/2: 0.415 / R_sym value: 1.137 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.14→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 5.548 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22749	1469	5 %	RANDOM
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.19303	27700	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.14→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3496	0	0	131	3627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.084	1.986	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.158	3	8043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.824	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.372	22.781	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.459	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.206	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.72	2.755	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.718	2.754	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.361	4.107	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.361	4.108	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.114	3.358	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.107	3.354	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.406	4.805	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.5	22.682	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.49	22.647	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.138→2.193 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	112	-
R_work	0.302	1935	-
obs	-	-	94.38 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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