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- PDB-6ex8: Crystal Structure of Rhodesain in complex with a Macrolactam Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ex8
タイトルCrystal Structure of Rhodesain in complex with a Macrolactam Inhibitor
要素Cysteine protease
キーワードHYDROLASE / Cysteine Protease / Papain-like Protease / Cathepsin L-like Protease / Endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2K / Cysteine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dietzel, U. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 630 ドイツ
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Repurposing a Library of Human Cathepsin L Ligands: Identification of Macrocyclic Lactams as Potent Rhodesain and Trypanosoma brucei Inhibitors.
著者: Giroud, M. / Dietzel, U. / Anselm, L. / Banner, D. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Blanc, J.B. / Gaufreteau, D. / Liu, H. / Lin, X. / Stich, A. / Kuhn, B. / Schuler, F. / Kaiser, M. / Brun, R. ...著者: Giroud, M. / Dietzel, U. / Anselm, L. / Banner, D. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Blanc, J.B. / Gaufreteau, D. / Liu, H. / Lin, X. / Stich, A. / Kuhn, B. / Schuler, F. / Kaiser, M. / Brun, R. / Schirmeister, T. / Kisker, C. / Diederich, F. / Haap, W.
履歴
登録2017年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02025年2月26日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease
B: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,24621
ポリマ－46,1472
非ポリマー2,09919
水6,503361
1
A: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9688
ポリマ－23,0731
非ポリマー8947
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,27813
ポリマ－23,0731
非ポリマー1,20512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.830, 49.753, 67.569
Angle α, β, γ (deg.)103.560, 98.890, 100.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease


分子量: 23073.354 Da / 分子数: 2 / 変異: S172A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: causes the acute form of sleeping sickness
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
遺伝子: rhodesain / プラスミド: pPICzAlphaB
詳細 (発現宿主): AOX1 promoter and signal for extracellular secretion
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q95PM0
#2: 化合物 ChemComp-C2K / (3~{S})-19-chloranyl-~{N}-(1-cyanocyclopropyl)-5-oxidanylidene-9-(trifluoromethyl)-12,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{6,11}]docosa-1(21),6(11),7,9,18(22),19-hexaene-3-carboxamide


分子量: 521.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23ClF3N3O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
解説: stable needles, usually micro-needles in rosettes; their size was enhanced using micro-seeding with crystals of apo protein
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.3 - 1.7 M ammonium sulfate 100 mM sodium citrate pH 5.0 growth in 4-8 weeks

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月14日
放射モノクロメーター: Si(111) silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.03 Å / Num. obs: 48169 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6959 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS2013データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P7U

2p7u


解像度: 1.6→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 4.312 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.084
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1766 2443 5.1 %RANDOM
Rwork0.1363 ---
obs0.1384 45725 94.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.63 Å2 / Biso mean: 25.444 Å2 / Biso min: 11.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å21.03 Å2-0.75 Å2
2--0.6 Å2-0.23 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 140 361 3735
Biso mean--43.26 36.23 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.023486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.9594743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4573.0057134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.92526.75160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0115485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.337154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02784
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 174 -
Rwork0.298 3318 -
all-3492 -
obs--93.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66510.24530.83441.07932.76237.1332-0.0902-0.13080.0493-0.00260.00380.0212-0.10660.05940.08640.2514-0.0804-0.06060.20440.02310.192910.60920.644410.8176
211.2681-5.09436.17014.882-3.856.161-0.0561-0.11740.3445-0.0518-0.1211-0.3112-0.1260.09690.17720.0761-0.03830.02150.0591-0.00190.08266.4972.1404-4.5751
32.1335-0.63290.29251.8841-0.2061.80550.00580.0113-0.113-0.0191-0.0662-0.0616-0.00880.12460.06040.0512-0.01040.00490.06780.01450.07052.872-6.0824-2.8973
41.8567-0.5581-0.16082.8528-0.29933.093-0.05040.1368-0.0411-0.084-0.05310.0858-0.0238-0.16030.10360.05880.0105-0.02370.0659-0.02790.0599-9.4103-4.8042-10.4646
52.621-1.8576-0.76616.09231.36132.6775-0.0192-0.0642-0.23480.0128-0.06710.27030.1252-0.17210.08630.0407-0.0235-0.00040.0703-0.01850.0792-8.2747-11.194-3.3535
69.54973.6469-6.02845.0728-4.617812.45380.17330.16340.1473-0.1273-0.1570.12-0.06210.1859-0.01630.0560.03040.01140.059-0.01070.05823.4187-9.9061-12.2098
72.6579-3.31130.57748.50921.71581.4990.02870.1920.164-0.4671-0.1589-0.0125-0.19530.04870.13010.1599-0.0156-0.01280.15120.03590.118-1.6995-0.0097-17.2391
81.2312-3.57161.20421.82960.22942.69040.02850.15320.0943-0.4746-0.0811-0.35370.07460.13250.05260.1538-0.0241-0.00210.172-0.00450.1554-7.7221-5.0037-19.9529
91.7254-0.2499-1.00291.66390.20695.36240.0495-0.0073-0.154-0.138-0.0523-0.00190.2547-0.01710.00280.0789-0.01190.01690.0315-0.01460.1014-0.9222-14.4415-6.5541
103.7702-2.2451-4.193811.61685.23617.9475-0.091-0.33180.01690.36520.02490.11620.0701-0.16960.06610.1286-0.01020.01420.17060.01430.0848-7.16-2.840313.6613
112.3758-0.04710.01225.51091.2163.20690.0158-0.43910.07820.2941-0.00090.0061-0.30470.01-0.01490.16150.0011-0.01060.1035-0.01110.0211-0.38460.222716.4117
1212.26353.9212-4.672916.05717.02038.6965-0.163-0.4334-0.21390.36240.0979-0.31670.43150.30890.06510.0973-0.0007-0.00850.10230.02610.05694.185-6.612.0259
132.9327-2.12171.04263.807-1.09721.6245-0.0082-0.1330.16540.1957-0.00910.0454-0.2569-0.16170.01730.1160.00490.00480.0863-0.00530.0746-3.79535.61744.3893
1419.0207-1.35997.683713.15180.728817.1029-0.26811.00571.1398-0.4143-0.13820.1179-1.21120.13390.40630.22760.0020.02050.10750.00070.1796-0.220717.2791-0.0378
158.56460.0712-2.44990.0055-0.01620.70940.08230.32640.5582-0.01480.03550.0219-0.0682-0.0913-0.11780.39520.0045-0.03170.1951-0.01440.32-0.487917.08948.7241
166.71442.10160.459711.06665.387517.53110.12570.08110.62830.0325-0.44050.6362-0.7273-0.85860.31480.10630.05460.02310.1333-0.00730.1593-12.611910.77245.2176
176.20.07873.83990.0101-0.07634.535-0.14440.04870.13210.02340.0006-0.0052-0.2394-0.0310.14380.1587-0.0276-0.03270.08150.00980.1331.47183.49715.1246
1812.7652-1.6463-1.81817.83130.92925.92830.0026-0.86940.36190.6910.0031-0.5688-0.58920.561-0.00570.2014-0.0671-0.08050.1555-0.05030.12328.452711.314215.8132
191.317-0.5668-0.00911.4162-0.38835.64140.0408-0.00680.24180.1065-0.0746-0.1627-0.46030.06350.03370.1149-0.0449-0.02810.02330.00830.10644.08539.93652.0944
201.415-1.5697-0.65995.99571.94352.767-0.0468-0.150.0660.2386-0.0068-0.0016-0.1447-0.14090.05360.0778-0.00220.01170.0747-0.01240.0391-5.28030.97629.2091
211.5853-0.74961.60210.16281.32182.5041-0.16290.09740.1257-0.13450.06510.0865-0.418-0.17690.09780.19370.0861-0.00530.24260.01090.1862-2.370225.9211-30.6466
225.46831.09343.12283.7511-4.352314.1277-0.27750.20180.42980.08450.15270.3315-0.6152-0.90370.12480.07040.02310.00160.1673-0.01390.1272-3.429115.7851-27.2678
235.38890.4978-2.42242.74910.64517.1036-0.0059-0.2571-0.18110.1885-0.0534-0.07230.10230.19220.05930.07340.0254-0.01930.0550.00260.044611.34288.7453-19.6143
242.60780.79171.65362.52410.56714.20120.00010.23320.146-0.09240.02290.08770.0042-0.1981-0.02290.0435-0.00580.00190.10350.00290.04473.428412.0991-34.1648
252.0345-0.36570.84541.5992-0.70032.0421-0.0082-0.0589-0.16130.00370.0565-0.05080.168-0.0687-0.04840.07870.01020.00550.0568-0.02220.031110.99064.5524-28.8622
262.2311-0.00250.37262.65351.36483.5907-0.07210.125-0.0397-0.09190.1017-0.17610.01460.2199-0.02960.06090.02710.00850.0756-0.01430.043517.15227.805-33.0746
278.47512.5126-7.90362.2761-4.75712.27180.0138-0.1111-0.04940.04870.12320.11940.0978-0.0815-0.1370.0972-0.0098-0.01070.0806-0.01490.07545.53750.4858-31.8731
282.1663-0.061.8381.33781.67796.3347-0.0306-0.1543-0.28820.1480.15750.04890.5067-0.1068-0.1270.13980.0209-0.00910.05350.01450.059112.4104-1.5897-20.2402
2914.1705-5.86055.015412.151-7.70038.98820.112-0.1047-0.7971-0.06240.02520.18760.42440.1608-0.13720.1656-0.01360.00490.0934-0.05480.11917.6591-6.0229-32.133
303.64054.9334-0.21046.889-0.95492.5022-0.11690.10420.0942-0.16640.10980.1323-0.0528-0.01560.00720.06290.0150.01560.0770.00090.06110.81611.3487-39.7465
316.9854-1.8011-0.61022.69231.10153.71810.0950.08450.3638-0.273-0.092-0.1171-0.50690.1931-0.00310.189-0.01940.02220.04680.01910.027712.264828.7216-34.0772
329.95561.9635-1.332212.47384.651811.3125-0.05470.62770.0346-0.70140.12040.322-0.2155-0.4193-0.06570.16470.0795-0.01750.1715-0.00670.04913.920924.0899-37.5782
330.27410.1072-0.32091.1740.31830.55490.1046-0.00640.0587-0.0112-0.09460.107-0.162-0.0336-0.010.19760.0083-0.02460.1482-0.0380.16711.740421.6057-22.3174
3434.2932-17.07998.998718.5281-7.142212.6301-0.2247-1.2843-0.33660.87030.3422-0.25310.01640.0841-0.11750.1763-0.02220.00440.1302-0.02830.12747.368623.3365-9.9462
356.16670.179-2.64932.9516-0.35091.1672-0.1136-0.37430.12990.17860.1593-0.02820.00380.1423-0.04570.26320.027-0.02010.137-0.06860.08329.682630.6946-15.1585
363.30634.4829-0.391419.06723.59821.55290.1672-0.4808-0.1790.65780.0822-0.90030.03190.3729-0.24940.1617-0.0271-0.020.21090.00050.142119.134421.9609-19.3552
370.4342-0.51320.19912.9556-0.42190.68540.0217-0.0434-0.00750.07890.00020.0941-0.2251-0.2057-0.0220.11030.05220.00680.0978-0.0210.0642.997523.4165-20.494
386.35022.1372-6.58767.7037-6.888810.45910.2527-0.06260.30550.2582-0.2122-0.1128-0.64110.1344-0.04050.19580.0259-0.01720.0938-0.02250.10636.134431.2716-21.5603
391.7536-0.41362.76051.50381.24856.9454-0.05370.01190.1793-0.07560.1288-0.3003-0.29630.2035-0.07510.2394-0.030.02260.1029-0.04370.169914.523929.6458-23.6368
405.03845.43412.78049.7975.09236.0940.11090.1357-0.03740.070.1196-0.2214-0.09760.0781-0.23040.0781-0.00030.01570.0705-0.00240.062212.782718.9342-34.6688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3A22 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4A50 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5A66 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6A83 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7A89 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8A97 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9A103 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10A117 - 121
11X-RAY DIFFRACTION11A122 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12A128 - 132
13X-RAY DIFFRACTION13A133 - 143
14X-RAY DIFFRACTION14A144 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15A149 - 156
16X-RAY DIFFRACTION16A157 - 161
17X-RAY DIFFRACTION17A162 - 169
18X-RAY DIFFRACTION18A170 - 177
19X-RAY DIFFRACTION19A178 - 199
20X-RAY DIFFRACTION20A200 - 215
21X-RAY DIFFRACTION21B1 - 8
22X-RAY DIFFRACTION22B9 - 16
23X-RAY DIFFRACTION23B17 - 28
24X-RAY DIFFRACTION24B29 - 42
25X-RAY DIFFRACTION25B43 - 62
26X-RAY DIFFRACTION26B63 - 80
27X-RAY DIFFRACTION27B81 - 88
28X-RAY DIFFRACTION28B89 - 101
29X-RAY DIFFRACTION29B102 - 108
30X-RAY DIFFRACTION30B109 - 116
31X-RAY DIFFRACTION31B117 - 127
32X-RAY DIFFRACTION32B128 - 132
33X-RAY DIFFRACTION33B133 - 144
34X-RAY DIFFRACTION34B145 - 149
35X-RAY DIFFRACTION35B150 - 156
36X-RAY DIFFRACTION36B157 - 163
37X-RAY DIFFRACTION37B164 - 194
38X-RAY DIFFRACTION38B195 - 199
39X-RAY DIFFRACTION39B200 - 206
40X-RAY DIFFRACTION40B207 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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