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- PDB-6ex7: Crystal structure of NDM-1 metallo-beta-lactamase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ex7
タイトルCrystal structure of NDM-1 metallo-beta-lactamase in complex with Cd ions and a hydrolyzed beta-lactam ligand - new refinement
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Unknown ligand / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, Y. / Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. ...Kim, Y. / Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Center for Research and DevelopmentDesInMBL ポーランド
引用
ジャーナル: Drug Resist. Updat. / 年: 2018
タイトル: A close look onto structural models and primary ligands of metallo-beta-lactamases.
著者: Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: FASEB J. / 年: 2013
タイトル: NDM-1, the ultimate promiscuous enzyme: substrate recognition and catalytic mechanism.
著者: Kim, Y. / Cunningham, M.A. / Mire, J. / Tesar, C. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,01616
ポリマ－51,4362
非ポリマー1,58014
水3,207178
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5868
ポリマ－25,7181
非ポリマー8697
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4298
ポリマ－25,7181
非ポリマー7117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.062, 39.220, 75.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

PG4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 269 / Label seq-ID: 4 - 242

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25717.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 192分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 189.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25 % PEG 3350, 5 mM CdCl2,10 mM faropenum, temperature 289K
PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→74.2 Å / Num. obs: 27008 / % possible obs: 91.72 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.95→74.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.225 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22588 1353 4.8 %copied from entry 4hky
Rwork0.1945 ---
obs0.19608 27008 91.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å2-0 Å20.59 Å2
2---1.25 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→74.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 55 178 3731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.9394929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1693.0017710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2955479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51624.726146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17415506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1691.3091922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1671.3091921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0441.952399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0441.952400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5681727
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.561727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8262.3262531
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.9553971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.9593972
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded29.6856
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25944 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.213 1481 -
Rfree-0 -
obs--66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.97392.74921.93788.75085.21943.1273-0.11060.74040.3376-0.1657-0.22330.5326-0.0808-0.09430.3340.7981-0.1702-0.05310.2630.07030.06316.08329.325-10.561
210.27750.49112.57513.451.11874.61510.0419-0.0731-0.388-0.91210.01430.1461-0.8419-0.148-0.05620.42320.0141-0.05070.09780.01250.023818.10325.433-2.56
35.14340.311.44571.32973.44989.5338-0.01240.605-0.1756-0.76060.0230.0107-1.6090.2631-0.01060.6810.0363-0.01110.1521-0.01880.013821.63619.472-4.03
41.056-0.04110.04162.49521.45343.245-0.08860.1184-0.0069-0.48090.00910.0413-0.55680.06830.07950.1483-0.0249-0.05060.1203-0.0060.0918.61924.86410.163
59.97340.4689-4.83553.1769-1.27026.74850.1383-0.31430.641-0.3866-0.36470.7412-0.6059-0.5790.22640.20640.1335-0.22260.3125-0.21070.3815.05636.41811.662
611.29510.00691.28118.6034-2.03822.7405-0.0813-0.5103-0.2584-0.20850.02170.33450.0867-0.11710.05960.0257-0.00830.01630.22460.0480.06381.49711.90752.69
72.54560.0130.1522.52820.03092.0858-0.0449-0.2740.05860.39830.02180.15190.0102-0.04020.02310.09170.0530.00010.20960.01340.096911.29915.31547.644
80.8953-0.143-0.12411.88550.26751.7173-0.0562-0.1321-0.05110.14260.00060.0146-0.02440.04040.05560.02360.0184-0.03090.18280.0070.139816.40716.60934.652
92.7472-0.6901-0.05391.9756-0.00412.64-0.0517-0.0112-0.20590.0584-0.05480.26040.16-0.18770.10650.0133-0.02250.00610.1455-0.03630.20826.0976.28329.761
1012.8455-1.57261.952315.9848-5.458115.28080.11520.6980.0673-0.8611-0.091-0.06550.5162-0.2218-0.02420.0773-0.0154-0.0260.1875-0.06230.188-0.9575.6720.954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4A106 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5A252 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6B30 - 52
7X-RAY DIFFRACTION7B53 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8B109 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9B216 - 262
10X-RAY DIFFRACTION10B263 - 270

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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