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万見
- PDB-6evh: Lipoaminopeptide helioferin A and B from Mycogone rosea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evh
タイトルLipoaminopeptide helioferin A and B from Mycogone rosea
要素Lipoaminopeptide helioferin A and B
キーワードANTIBIOTIC / Lipoaminopeptide / protonophoric / peptaibol / peptaibiotic
機能・相同性FLUORIDE ION
機能・相同性情報
生物種Mycogone rosea (菌類)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Gessmann, R. / Petratos, K.
引用ジャーナル: Acta Cryst. D / 年: 2018
タイトル: Aminolipopeptide helioferin A and B
著者: Gessmann, R. / Petratos, K.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoaminopeptide helioferin A and B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1763
ポリマ－1,1211
非ポリマー542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area1390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.711, 10.886, 17.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lipoaminopeptide helioferin A and B


分子量: 1121.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MOO is 2-methyl-N-1-oxooctanoic acid,AMO is AHMOD is (2S, 4S, 6S)-2-amino-6-hydroxy-4-methyl-8-oxodecanoyl,AIB is alpha-aminoisobutyric acid,C9K is APAE is conformation A 2-(2-aminopropyl) ...詳細: MOO is 2-methyl-N-1-oxooctanoic acid,AMO is AHMOD is (2S, 4S, 6S)-2-amino-6-hydroxy-4-methyl-8-oxodecanoyl,AIB is alpha-aminoisobutyric acid,C9K is APAE is conformation A 2-(2-aminopropyl)aminoethanol and C9N, conformation B AMAE is 2-[(2-aminopropyl)-methylamino]-ethanol
由来: (天然) Mycogone rosea (菌類)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.44 Å3/Da / 解説: plate, 0.5 mm x 0.2 mm x 0.03
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: slow evaporation in a closed vial

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.82→17.3 Å / Num. obs: 11314 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 9.7 % / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 0.9→1 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
SAINTデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.9→17.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: The last amino alcohol residue is Apae in helioferin A and Amae in helioferin B. The deposited structure is neutral The presence of a proton at N2 of the last residue Apae/Amae is implicated.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.0932 467 5 %thin shells
Rwork0.0851 ---
obs0.0856 8673 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→17.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数88 0 2 0 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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