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- PDB-6evf: Structure of E285D S. cerevisiae Fdc1 with prFMN in the hydroxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evf
タイトルStructure of E285D S. cerevisiae Fdc1 with prFMN in the hydroxylated form
要素Ferulic acid decarboxylase 1
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferulate catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4570 / UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4570 / UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LU / : / : / Ferulic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Bailey, S.S. / David, L. / Payne, K.A.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The role of conserved residues in Fdc decarboxylase in prenylated flavin mononucleotide oxidative maturation, cofactor isomerization, and catalysis.
著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Cliff, M.J. / Spiess, R. / Parker, D.A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferulic acid decarboxylase 1
B: Ferulic acid decarboxylase 1
C: Ferulic acid decarboxylase 1
D: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,66416
ポリマ－228,1864
非ポリマー2,47812
水23,5641308
1
A: Ferulic acid decarboxylase 1
B: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3328
ポリマ－114,0932
非ポリマー1,2396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34800 Å2
手法PISA
2
C: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子

D: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3328
ポリマ－114,0932
非ポリマー1,2396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area7380 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area34150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.100, 96.820, 116.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase


分子量: 57046.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FDC1, YDR539W, D3703.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03034, phenacrylate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form


分子量: 525.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.25M Calcium Acetate, 15% PEG 4k

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→34.35 Å / Num. obs: 154138 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 8.35
反射 シェル解像度: 2.06→3.134 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 15457 / Rrim(I) all: 1.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZAC

4zac


解像度: 2.06→34.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.284 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21273 7522 4.9 %RANDOM
Rwork0.16743 ---
obs0.16965 146617 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å2-1.3 Å2
2--1.51 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.06→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15678 0 152 1308 17138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01916449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.98122431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.083335703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67652058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84924.703657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.388152782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg201554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02118080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0532.7238160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0532.7238159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8534.07710242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8534.07810243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0493.018289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0493.0118285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6514.37712184
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.96533.02718903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.86932.7618631
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 551 -
Rwork0.287 10858 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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