+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ev9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of E277D A. niger Fdc1 with prFMN in the hydroxylated form | ||||||
![]() | Ferulic acid decarboxylase 1 | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bailey, S.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The role of conserved residues in Fdc decarboxylase in prenylated flavin mononucleotide oxidative maturation, cofactor isomerization, and catalysis. 著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Cliff, M.J. / Spiess, R. / Parker, D.A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 830.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 834 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ev3C ![]() 6ev4C ![]() 6ev5C ![]() 6ev6C ![]() 6ev7C ![]() 6ev8C ![]() 6evaC ![]() 6evbC ![]() 6evcC ![]() 6evdC ![]() 6eveC ![]() 6evfC ![]() 4za4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56321.918 Da / 分子数: 1 / 変異: E277D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BYN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→64.73 Å / Num. obs: 65903 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 7.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 4.4 % / Num. unique obs: 6502 / Rrim(I) all: 1.295 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZA4 解像度: 1.64→64.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.319 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.411 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.64→64.73 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|