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万見
- PDB-6eu9: Crystal structure of Platynereis dumerilii RAR ligand-binding dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eu9
タイトルCrystal structure of Platynereis dumerilii RAR ligand-binding domain in complex with all-trans retinoic acid
要素Retinoic acid receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Retinoic acid / ancestral receptor / sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / nuclear glucocorticoid receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear receptor activity / transcription regulator complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOIC ACID / Retinoic acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Handberg-Thorsager, M. / Gutierrez-Mazariegos, J. / Arold, S.T. / Nadendla, E.K. / Bertucci, P.Y. / Germain, P. / Tomancak, P. / Pierzchalski, K. / Jones, J.W. / Albalat, R. ...Handberg-Thorsager, M. / Gutierrez-Mazariegos, J. / Arold, S.T. / Nadendla, E.K. / Bertucci, P.Y. / Germain, P. / Tomancak, P. / Pierzchalski, K. / Jones, J.W. / Albalat, R. / Kane, M.A. / Bourguet, W. / Laudet, V. / Arendt, D. / Schubert, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: The ancestral retinoic acid receptor was a low-affinity sensor triggering neuronal differentiation.
著者: Handberg-Thorsager, M. / Gutierrez-Mazariegos, J. / Arold, S.T. / Kumar Nadendla, E. / Bertucci, P.Y. / Germain, P. / Tomancak, P. / Pierzchalski, K. / Jones, J.W. / Albalat, R. / Kane, M.A. ...著者: Handberg-Thorsager, M. / Gutierrez-Mazariegos, J. / Arold, S.T. / Kumar Nadendla, E. / Bertucci, P.Y. / Germain, P. / Tomancak, P. / Pierzchalski, K. / Jones, J.W. / Albalat, R. / Kane, M.A. / Bourguet, W. / Laudet, V. / Arendt, D. / Schubert, M.
履歴
登録2017年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor
B: Retinoic acid receptor
C: Retinoic acid receptor
D: Retinoic acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4356
ポリマ－109,8344
非ポリマー6012
水82946
1
C: Retinoic acid receptor

A: Retinoic acid receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9172
ポリマ－54,9172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
2
B: Retinoic acid receptor
ヘテロ分子

D: Retinoic acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5184
ポリマ－54,9172
非ポリマー6012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.410, 68.150, 95.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Retinoic acid receptor


分子量: 27458.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Platynereis dumerilii / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E144*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-REA / RETINOIC ACID / 3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)ノナ-2,4,6,8-テトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 32596 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.053 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.69-2.783.50.5891.332250.3690.6970.58999.7
2.78-2.893.40.4571.730750.2890.5420.45799.4
2.89-3.013.30.3452.229770.2230.4120.34599.5
3.01-3.143.10.2243.428490.1510.2710.22499.2
3.14-3.293.40.1714.427310.1090.2030.17199
3.29-3.473.30.1076.925820.070.1290.10799
3.47-3.683.10.0738.724370.0490.0890.07398.7
3.68-3.9430.05112.422790.0350.0620.05197.9
3.94-4.253.20.03814.721440.0250.0460.03899.1
4.25-4.663.20.0351319590.0230.0420.03598.1
4.66-5.2130.02719.417840.0190.0330.02797.5
5.21-6.023.30.03216.615770.0210.0390.03299.2
6.02-7.3730.0317.713410.0210.0370.0397.1
7.37-10.423.20.02710.510430.0190.0330.02797.2
10.42-46.70530.02612.15930.0180.0320.02697.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
MoRDa位相決定
精密化解像度: 2.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 40.416 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.23 / ESU R Free: 0.396
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2997 1633 5 %RANDOM
Rwork0.2551 ---
obs0.2573 30964 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.28 Å2 / Biso mean: 52.951 Å2 / Biso min: 15.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å20 Å2-2.29 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7069 0 44 46 7159
Biso mean--71.97 40.02 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.232.0059771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2165889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54224.773308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.517151339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.4341545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215278
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 126 -
Rwork0.378 2295 -
all-2421 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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