PDB-6eu4: Structure of Acinetobacter phage vb_AbaP_AS12 gp42 tailspike

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eu4

タイトル

Structure of Acinetobacter phage vb_AbaP_AS12 gp42 tailspike

要素

Tail spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / bacteriophage / tailspike / Acinetobacter baumannii / gp42

機能・相同性

Intramolecular chaperone auto-processing domain / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / virus tail / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / Tail spike protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter phage vB_AbaP_AS12 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.794 Å

データ登録者

Taylor, N.M.I. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Acinetobacter phage vb_AbaP_AS12 gp42 tailspike
著者: Taylor, N.M.I. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2017年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eu4.cif.gz	985.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eu4.ent.gz	833.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eu4_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eu4_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	6eu4_validation.xml.gz	91.8 KB	表示
CIF形式データ	6eu4_validation.cif.gz	134.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7chu-d 5xeb-1 5xeb-2 3ol2-d 1ob1-d 5xeb-3 6cxs-d 5zl2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail spike protein

B: Tail spike protein

C: Tail spike protein

ヘテロ分子

235 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.202, 143.336, 176.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tail spike protein 分子量: 78440.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tax ID 1932885 由来: (組換発現) Acinetobacter phage vB_AbaP_AS12 (ファージ) 遺伝子: AS12_gp42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A218KRF6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 6,000, malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97882 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97882 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 425170 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.94 % / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 6.75 % / Mean I/σ(I) obs: 4.71 / Num. unique obs: 66612 / R_rim(I) all: 0.378 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
SHELXDE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.794→47.771 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 11.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1456	21237	5 %
R_work	0.1252	-	-
obs	0.1263	425045	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.794→47.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13338	0	1	2119	15458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	18961
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.607	8111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7939-1.8143	0.2065	590	0.1853	11051	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8143-1.8356	0.1639	716	0.1481	13569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8356-1.858	0.1608	714	0.1412	13567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.858-1.8815	0.1766	710	0.1414	13525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8815-1.9063	0.1553	705	0.1337	13506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9063-1.9324	0.161	711	0.1306	13521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9324-1.96	0.1595	717	0.1313	13562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.9893	0.1465	713	0.1258	13535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9893-2.0204	0.141	716	0.1202	13538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0204-2.0535	0.1427	717	0.1199	13580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0535-2.0889	0.1397	711	0.1191	13444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0889-2.1269	0.1454	710	0.1197	13610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1269-2.1678	0.1376	725	0.1156	13572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1678-2.212	0.135	707	0.1149	13544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.2601	0.131	706	0.1071	13480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2601-2.3127	0.136	711	0.1102	13572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3127-2.3705	0.1492	713	0.1156	13546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3705-2.4346	0.1372	709	0.1128	13570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4346-2.5063	0.1393	716	0.111	13510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5063-2.5872	0.1239	720	0.1078	13606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5872-2.6796	0.1294	712	0.1089	13459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6796-2.7869	0.138	712	0.1145	13531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7869-2.9137	0.1415	718	0.1178	13581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9137-3.0673	0.1481	714	0.1202	13525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0673-3.2594	0.1496	711	0.1238	13555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2594-3.511	0.1498	716	0.1338	13563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.511-3.8642	0.1559	696	0.13	13552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8642-4.423	0.1359	712	0.1197	13545	X-RAY DIFFRACTION	100
4.423-5.5712	0.1238	708	0.1159	13542	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5712-47.7883	0.1837	701	0.1855	13547	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.897	-1.0682	-0.0562	2.8065	-0.506	1.5562	-0.0218	0.1093	-0.5477	-0.3122	0.0478	0.0766	0.5605	-0.2077	-0.0122	0.4984	-0.0929	-0.0755	0.2179	-0.0889	0.4967	8.8586	48.4515	85.2426
2	0.3933	0.0304	0.0363	0.5194	-0.0646	0.295	0.0029	-0.0409	-0.1197	-0.0532	0.0276	0.0616	0.0769	-0.0763	-0.0275	0.1108	-0.0326	-0.0209	0.1417	0.0274	0.1121	3.9549	86.1006	103.3755
3	0.9144	0.2908	0.0197	1.1992	0.6139	0.8763	-0.0126	0.0784	0.1878	-0.1608	-0.0028	0.0586	-0.1767	-0.0616	0.0274	0.1434	0.029	-0.011	0.1544	-0.0105	0.1233	16.1731	140.6996	124.9699
4	2.6899	1.2633	0.5526	2.1453	0.3861	1.8063	0.0322	0.3462	-0.594	-0.3537	0.0088	0.0219	0.5158	-0.0549	-0.0382	0.5062	0.0154	0.0145	0.1998	-0.1323	0.4693	27.7406	50.3764	79.6072
5	0.4354	-0.029	-0.0534	0.5821	0.1364	0.5931	0.0144	0.0302	-0.0472	-0.0967	0.002	-0.0432	0.0153	0.0204	-0.0177	0.1106	-0.0025	0.0121	0.1181	0.0087	0.0841	31.64	92.5221	93.3462
6	0.9181	0.0032	0.038	1.2354	0.4617	1.0556	0.0391	0.0521	0.2239	-0.1058	0.0251	-0.1378	-0.2029	0.1339	-0.0724	0.146	-0.021	0.0319	0.1527	-0.0348	0.1729	31.358	144.3602	130.7208
7	1.5319	-0.0717	-0.182	1.0744	-0.3922	1.5362	-0.0351	0.1397	-0.5438	-0.1816	-0.0158	-0.0812	0.5978	0.0422	0.0457	0.4451	0.0193	-0.0038	0.155	-0.0277	0.5147	27.2608	43.8897	96.9406
8	0.5244	-0.1367	-0.0203	0.5597	0.0278	0.2598	-0.0156	-0.1624	-0.1113	0.0564	0.0126	0.003	0.0594	0.0125	0.0062	0.1251	-0.0049	-0.0108	0.1703	0.0582	0.1217	27.9531	82.1334	121.4607
9	0.8166	-0.0529	-0.0518	0.8459	0.3499	0.8651	0.0268	-0.0988	0.16	0.0292	-0.0089	-0.0256	-0.111	-0.0293	-0.0049	0.1088	0.0033	0.0031	0.1313	-0.052	0.1402	20.0404	140.5727	139.8535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 55 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 442 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 443 through 602 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 16 through 55 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 56 through 471 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 472 through 602 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 16 through 79 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 80 through 472 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 473 through 602 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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