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- PDB-6etj: HUMAN PFKFB3 IN COMPLEX WITH KAN0438241 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6etj
タイトルHUMAN PFKFB3 IN COMPLEX WITH KAN0438241
要素6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
キーワードANTITUMOR PROTEIN / DNA damage repair / homologous recombination / glycolysis / nucleotide metabolism / PFKFB3
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / fructose metabolic process / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-BWW / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Gustafsson, N.M.S. / Lundback, T. / Farnegardh, K. / Groth, P. / Wiitta, E. / Jonsson, M. / Hallberg, K. / Pennisi, R. / Huguet Ninou, A. / Martinsson, J. ...Gustafsson, N.M.S. / Lundback, T. / Farnegardh, K. / Groth, P. / Wiitta, E. / Jonsson, M. / Hallberg, K. / Pennisi, R. / Huguet Ninou, A. / Martinsson, J. / Norstrom, C. / Schultz, J. / Andersson, M. / Markova, N. / Marttila, P. / Norin, M. / Olin, T. / Helleday, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Targeting PFKFB3 radiosensitizes cancer cells and suppresses homologous recombination.
著者: Gustafsson, N.M.S. / Farnegardh, K. / Bonagas, N. / Ninou, A.H. / Groth, P. / Wiita, E. / Jonsson, M. / Hallberg, K. / Lehto, J. / Pennisi, R. / Martinsson, J. / Norstrom, C. / Hollers, J. / ...著者: Gustafsson, N.M.S. / Farnegardh, K. / Bonagas, N. / Ninou, A.H. / Groth, P. / Wiita, E. / Jonsson, M. / Hallberg, K. / Lehto, J. / Pennisi, R. / Martinsson, J. / Norstrom, C. / Hollers, J. / Schultz, J. / Andersson, M. / Markova, N. / Marttila, P. / Kim, B. / Norin, M. / Olin, T. / Helleday, T.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9425
ポリマ－59,7731
非ポリマー1,1694
水1,838102
1
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子

A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,88410
ポリマ－119,5462
非ポリマー2,3388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)103.774, 103.774, 259.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 3 / PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / Renal carcinoma antigen NY-REN- ...PFK/FBPase 3 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase brain/placenta-type isozyme / Renal carcinoma antigen NY-REN-56 / iPFK-2


分子量: 59773.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKFB3 / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q16875, 6-phosphofructo-2-kinase, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase
#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BWW / 4-[[3-(5-fluoranyl-2-oxidanyl-phenyl)phenyl]sulfonylamino]-2-oxidanyl-benzoic acid


分子量: 403.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14FNO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, Hepes, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→34.28 Å / Num. obs: 29050 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.128 % / Biso Wilson estimate: 47.566 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.51-2.584.2610.7531.921010.86399.9
2.58-2.654.2190.5572.4720670.639100
2.65-2.724.2660.492.8820030.56199.9
2.72-2.814.2310.4043.4319350.46399.8
2.81-2.94.1950.3224.2818880.3799.8
2.9-34.2680.2565.3918160.29399.8
3-3.114.1950.26.6217620.2399.8
3.11-3.244.1970.1647.9517040.18899.8
3.24-3.384.2180.12410.5416370.14399.8
3.38-3.554.1180.0913.5615730.10499.9
3.55-3.744.1510.0815.3315040.09299.5
3.74-3.974.1030.06518.2114260.07499.8
3.97-4.244.060.05321.2213310.06199.6
4.24-4.584.0920.05122.8412710.05899.6
4.58-5.023.9420.04424.4711640.05199
5.02-5.613.9620.04922.8610650.05799.6
5.61-6.483.9570.04922.59590.05799.3
6.48-7.943.7470.0424.028150.04698.3
7.94-11.233.6540.02932.26480.03497.4
11.23-34.283.150.02731.13810.03291.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XSCALEデータ削減
精密化解像度: 2.51→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.626 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.221
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 1453 5 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1943 27596 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.9 Å2 / Biso mean: 42.154 Å2 / Biso min: 16.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20.69 Å20 Å2
2--1.37 Å2-0 Å2
3----2.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→34.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 75 102 3708
Biso mean--45.62 37.31 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.9935041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1925440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33423.352182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48215663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8451535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212804
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 96 -
Rwork0.287 1750 -
all-1846 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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