+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6etf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Structure of the Mo-insertase domain Cnx1E from Arabidopsis thaliana in complex with AMP and molybdate | ||||||
![]() | Molybdopterin biosynthesis protein CNX1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Arabidopsis / Arabidopsis Proteins / Coenzymes / Metalloproteins / Catalytic Domain / Nucleotide Binding / Entropic Enzyme / Adenosine Monophosphate / molybdate / alternate binding / insertion mechanism | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process ...glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdenum ion binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / response to metal ion / dendrite / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krausze, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The functional principle of eukaryotic molybdenum insertases. 著者: Krausze, J. / Hercher, T.W. / Zwerschke, D. / Kirk, M.L. / Blankenfeldt, W. / Mendel, R.R. / Kruse, T. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 337.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 275.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6etdC ![]() 6ethC ![]() 6gaxC ![]() 6gb0C ![]() 6gb4C ![]() 6gb9C ![]() 6gbcC ![]() 6gbfC ![]() 5g2rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49763.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CNX1, At5g20990, F22D1.6, T10F18.20 / プラスミド: pGplus-Cnx1E / 詳細 (発現宿主): PQE80 DERIVATIVE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39054, molybdopterin molybdotransferase, molybdopterin adenylyltransferase |
---|
-非ポリマー , 5種, 434分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||
---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MOO / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 % (v/v) 1,2-Ethanediol; 10 % (w/v) PEG 8000; 0.3 M MgCl2; 0.3 M CaCl2; 0.1 M Tris/BICINE, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI111 double crystal with sagital bender プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.781→45.072 Å / Num. obs: 34559 / % possible obs: 65.61 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.38 % / Biso Wilson estimate: 36.87 Å2 / CC1/2: 0.9997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 26.558 |
反射 シェル | 解像度: 1.781→1.963 Å / 冗長度: 9.72 % / Rmerge(I) obs: 1.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.527 / Num. unique obs: 1728 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 1.414 / % possible all: 13.18 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5G2R 解像度: 1.781→33.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.46 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.781→33.14 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / Total num. of bins used: 17
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|