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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6esv | |||||||||
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タイトル | Structure of the phosphate-bound form of AioX from Rhizobium sp. str. NT-26 | |||||||||
![]() | Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Periplasmic-binding protein / Arsenic / arsenite-binding / Rhizobium NT-26 | |||||||||
機能・相同性 | ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein / PHOSPHATE ION / Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Djordjevic, S. / Badilla, C. / Cole, A. / Santini, J. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A new family of periplasmic-binding proteins that sense arsenic oxyanions. 著者: Badilla, C. / Osborne, T.H. / Cole, A. / Watson, C. / Djordjevic, S. / Santini, J.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31426.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This is a Se-Met labeled protein which is why MET residues are replaced with MSE. Two residues, K230 and R173 (or K250 and R193 as numbered in the PDB file to reflect the protein numbering ...詳細: This is a Se-Met labeled protein which is why MET residues are replaced with MSE. Two residues, K230 and R173 (or K250 and R193 as numbered in the PDB file to reflect the protein numbering after the transport signal peptide was removed) were modeled as Alanines due to the disorder for the side chain. Similarly, residues 37 and 38 (57 and 58) were not modeled due to disorder. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: aioX, NT26_p10026 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.49 M NaH2PO4 and 0.91 M K2HPO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→88.07 Å / Num. obs: 36718 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.4 % / Net I/σ(I): 19.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.742 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.78→88.07 Å
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拘束条件 |
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