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万見
- PDB-6es4: A cryptic RNA-binding domain mediates Syncrip recognition and exo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6es4
タイトルA cryptic RNA-binding domain mediates Syncrip recognition and exosomal partitioning of miRNA targets
要素Syncrip, isoform K
キーワードRNA / miRNA / exosome / Syncrip / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / postsynapse of neuromuscular junction / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / regulation of oskar mRNA translation / mRNA Splicing - Major Pathway / oocyte dorsal/ventral axis specification / dorsal appendage formation / ribonucleoprotein granule / basal cortex ...regulation of neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / postsynapse of neuromuscular junction / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / regulation of oskar mRNA translation / mRNA Splicing - Major Pathway / oocyte dorsal/ventral axis specification / dorsal appendage formation / ribonucleoprotein granule / basal cortex / mRNA stabilization / precatalytic spliceosome / lncRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 5'-UTR binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q acidic domain / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q acidic domain / HnRNP R/Q splicing factor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Syncrip, isoform K / Syncrip, isoform Q
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hobor, F. / Dallmann, A. / Ball, N.J. / Cicchini, C. / Battistelli, C. / Ogrodowicz, R.W. / Christodoulou, E. / Martin, S.R. / Castello, A. / Tripodi, M. ...Hobor, F. / Dallmann, A. / Ball, N.J. / Cicchini, C. / Battistelli, C. / Ogrodowicz, R.W. / Christodoulou, E. / Martin, S.R. / Castello, A. / Tripodi, M. / Taylor, I.A. / Ramos, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_PC_13051 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A cryptic RNA-binding domain mediates Syncrip recognition and exosomal partitioning of miRNA targets.
著者: Hobor, F. / Dallmann, A. / Ball, N.J. / Cicchini, C. / Battistelli, C. / Ogrodowicz, R.W. / Christodoulou, E. / Martin, S.R. / Castello, A. / Tripodi, M. / Taylor, I.A. / Ramos, A.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syncrip, isoform K
B: Syncrip, isoform K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,67615
ポリマ－49,6312
非ポリマー1,04513
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.783, 128.528, 79.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Syncrip, isoform K


分子量: 24815.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Syp, AI945337, anon-WO0118547.613, Dmel\CG17838, l(3)03806, syp, CG17838, Dmel_CG17838
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4KHH8, UniProt: A0A0B4KHI4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate pH 6, Seeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33579 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 19.15
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique obs: 5270 / CC1/2: 0.868 / Rrim(I) all: 0.421 / % possible all: 96.8

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.43 Å39.05 Å
Translation6.43 Å39.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
SOLVE位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.561 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1650 4.92 %
Rwork0.1737 --
obs0.1752 33546 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.1 Å2 / Biso mean: 61.0577 Å2 / Biso min: 25.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→37.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 59 76 3260
Biso mean--92.36 52.36 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7534407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2451191
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.26480.29251530.24042587274097
2.2648-2.33790.25571370.217326312768100
2.3379-2.42140.27341240.206827422866100
2.4214-2.51840.27741430.204225962739100
2.5184-2.6330.24391290.201326812810100
2.633-2.77170.26411320.201526872819100
2.7717-2.94530.2161470.202326262773100
2.9453-3.17260.221330.194526902823100
3.1726-3.49170.20761510.17932639279099
3.4917-3.99650.18921510.16272648279999
3.9965-5.03320.16351240.13742674279899
5.0332-37.56670.18441260.1612695282198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06981.03380.98664.12753.81143.846-0.10510.0554-0.0758-0.1639-0.04420.1668-0.03450.01060.14170.7055-0.08460.0080.5619-0.15030.548327.9347120.0156113.3148
22.40940.4232-0.15342.94-0.30733.1671-0.03550.00290.21140.1494-0.04420.21430.04590.04390.08060.1903-0.00550.01320.2968-0.00780.329722.757997.254493.2616
31.924-2.5977-1.08944.45482.6563.0586-0.2389-0.1851-0.07330.84230.28770.3908-0.8017-0.2001-0.06020.75970.15360.07790.4924-0.07480.55438.60349.819781.9799
43.17860.0958-0.52134.4766-2.04353.20530.0717-0.0607-0.384-0.5069-0.1780.07540.65660.17630.07870.46320.1199-0.03140.3370.02320.33923.90172.284799.1353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:121)A22 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 122:243)A122 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 22:104)B22 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 122:243)B122 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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