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- PDB-6erb: Enterococcus faecalis FIC protein (H111A) in complex with sulfate. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erb
タイトルEnterococcus faecalis FIC protein (H111A) in complex with sulfate.
要素Fic family protein
キーワードTOXIN
機能・相同性Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Fic family protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Veyron, S. / Cherfils, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
DIM Malinf フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A Ca2+-regulated deAMPylation switch in human and bacterial FIC proteins.
著者: Veyron, S. / Oliva, G. / Rolando, M. / Buchrieser, C. / Peyroche, G. / Cherfils, J.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fic family protein
D: Fic family protein
B: Fic family protein
C: Fic family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6608
ポリマ－98,2764
非ポリマー3844
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.931, 131.161, 136.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

21A-468-

HOH

31A-484-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Fic family protein


分子量: 24569.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: D350_01176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6S0Y1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl, 2mM ATPgS, 2mM MgCl2, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.32 Å / Num. obs: 55829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4558 / Rpim(I) all: 0.526 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G03

2g03


解像度: 2.2→43.046 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 2733 4.9 %
Rwork0.2132 --
obs0.215 55793 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6596 0 20 294 6910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0129070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0434108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.23790.38621520.33122630X-RAY DIFFRACTION100
2.2379-2.27860.34261290.33162601X-RAY DIFFRACTION100
2.2786-2.32240.39691600.30712574X-RAY DIFFRACTION100
2.3224-2.36990.42631410.29212645X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.42140.29541340.27872623X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.47770.32121450.2722611X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.53970.32231360.27172630X-RAY DIFFRACTION100
2.5397-2.60830.31221300.25582637X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.68510.29841070.26192671X-RAY DIFFRACTION100
2.6851-2.77170.28831230.26172636X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.87070.3611230.27262645X-RAY DIFFRACTION100
2.8707-2.98570.28911250.25992676X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.12150.28941450.26232642X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.2860.28111730.2442601X-RAY DIFFRACTION100
3.286-3.49180.24111430.22732650X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-3.76130.2557910.20262712X-RAY DIFFRACTION100
3.7613-4.13950.23091190.18442687X-RAY DIFFRACTION100
4.1395-4.73790.19021520.16052675X-RAY DIFFRACTION100
4.7379-5.96670.18221570.17162699X-RAY DIFFRACTION100
5.9667-43.05440.19621480.1612815X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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