PDB-6eqd: Crystal structure of a polyethylene terephthalate degrading hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eqd

タイトル

Crystal structure of a polyethylene terephthalate degrading hydrolase from Ideonella sakaiensis collected at long wavelength

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PETase / PET degradation / a/b hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Austin, H.P. / Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

米国,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase.
著者: Austin, H.P. / Allen, M.D. / Donohoe, B.S. / Rorrer, N.A. / Kearns, F.L. / Silveira, R.L. / Pollard, B.C. / Dominick, G. / Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Wagner, A. / Michener, W. ...

履歴

登録	2017年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eqd.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eqd.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eqd_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eqd_full_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示
XML形式データ	6eqd_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	6eqd_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/6eqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/6eqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eqeC 6eqfC 6eqgC 6eqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qgc-1 6ane-1 6eqg-3 5xh3-d 6qgc-4 6ane-2 6ane-3 6ij6-d 5xg0-1 6kus-d 6eqh-1 6eqg-2 5xfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

94.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.556, 234.311, 164.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-461- HOH
2	1	C-573- HOH

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PETase 分子量: 31341.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M MIB (Malonate, Imidazole, Borate) 25% PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.4551 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.4551 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→82.3 Å / Num. obs: 95250 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11917 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.5 / R_rim(I) all: 1.082 / % possible all: 74.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

解像度: 1.7→67.325 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	4660	4.9 %
R_work	0.1876	-	-
obs	0.1885	95093	84.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→67.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5808	0	2	812	6622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.528	8109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.771	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	895
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3947	121	0.3505	2486	X-RAY DIFFRACTION	71
1.7193-1.7396	0.35	125	0.3397	2618	X-RAY DIFFRACTION	74
1.7396-1.7608	0.3825	125	0.3135	2626	X-RAY DIFFRACTION	74
1.7608-1.7831	0.3094	127	0.2642	2609	X-RAY DIFFRACTION	75
1.7831-1.8065	0.297	136	0.2553	2660	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8065-1.8313	0.2771	125	0.2481	2625	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8313-1.8574	0.2752	159	0.2402	2668	X-RAY DIFFRACTION	76
1.8574-1.8852	0.2589	146	0.241	2727	X-RAY DIFFRACTION	77
1.8852-1.9146	0.2623	140	0.2354	2715	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9146-1.946	0.2583	139	0.2305	2750	X-RAY DIFFRACTION	78
1.946-1.9796	0.2316	150	0.2256	2752	X-RAY DIFFRACTION	79
1.9796-2.0156	0.2718	144	0.2283	2817	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0156-2.0543	0.248	141	0.2208	2807	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0543-2.0963	0.2649	143	0.223	2894	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0963-2.1419	0.2306	141	0.216	2853	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1419-2.1917	0.2693	136	0.2156	3009	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1917-2.2465	0.2489	133	0.2074	2939	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2465-2.3073	0.2213	149	0.2072	3015	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3073-2.3751	0.2046	162	0.2042	3058	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3751-2.4518	0.2262	159	0.2049	3096	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4518-2.5394	0.2361	157	0.2022	3174	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5394-2.6411	0.2241	182	0.2049	3202	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6411-2.7613	0.2517	180	0.2068	3302	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7613-2.9069	0.2461	199	0.1977	3354	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9069-3.089	0.2237	191	0.1954	3468	X-RAY DIFFRACTION	97
3.089-3.3275	0.217	182	0.1873	3542	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3275-3.6624	0.1922	193	0.1692	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6624-4.1923	0.1474	202	0.1459	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1923-5.2815	0.1562	171	0.1437	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2815-67.3774	0.1625	202	0.1811	3800	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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