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万見
- PDB-6eq4: MTH1 in complex with fragment 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eq4
タイトルMTH1 in complex with fragment 8
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / DNA repair / Fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BSW / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Wiedmer, L. / Sledz, P. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
University of ZurichFK-16-032 スイス
引用
ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Ligand retargeting by binding site analogy.
著者: Wiedmer, L. / Scharer, C. / Spiliotopoulos, D. / Hurzeler, M. / Sledz, P. / Caflisch, A.
#1: ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Ligand retargeting by binding site analogy
著者: Wiedmer, L. / Scharer, C. / Spiliotopoulos, D. / Hurzeler, M. / Sledz, P. / Caflisch, A.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5104
ポリマ－21,1051
非ポリマー4053
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.673, 65.939, 35.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-500-

HOH

31A-602-

HOH

41A-605-

HOH

51A-608-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1


分子量: 21104.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-BSW / 4-(3-fluoranylpyridin-4-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridine


分子量: 213.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8FN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 23 % PEG3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 54076 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 18.96
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.11 % / Mean I/σ(I) obs: 10.99 / Num. unique obs: 8674 / CC1/2: 0.987 / Rrim(I) all: 0.095 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→35.887 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 17.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 1998 6.93 %
Rwork0.1663 --
obs0.1678 28836 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1237 0 26 308 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0321869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3631059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3988-1.43380.20961290.19561867X-RAY DIFFRACTION98
1.4338-1.47260.22051450.17961890X-RAY DIFFRACTION100
1.4726-1.51590.21631300.17171894X-RAY DIFFRACTION100
1.5159-1.56480.19831490.16731925X-RAY DIFFRACTION100
1.5648-1.62070.17271540.16241865X-RAY DIFFRACTION99
1.6207-1.68560.19461330.16851927X-RAY DIFFRACTION99
1.6856-1.76240.2241420.171881X-RAY DIFFRACTION99
1.7624-1.85530.21071380.16661928X-RAY DIFFRACTION100
1.8553-1.97150.18561480.15691911X-RAY DIFFRACTION99
1.9715-2.12370.1681430.1671911X-RAY DIFFRACTION99
2.1237-2.33740.1991440.1611925X-RAY DIFFRACTION99
2.3374-2.67550.19271430.1711921X-RAY DIFFRACTION98
2.6755-3.37050.15771450.16221969X-RAY DIFFRACTION99
3.3705-35.89880.18421550.16522024X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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