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万見
- PDB-6epy: Structure of the PBP MelB (Atu4661) in complex with raffinose fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6epy
タイトルStructure of the PBP MelB (Atu4661) in complex with raffinose from A.fabrum C58
要素Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein
機能・相同性Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / periplasmic space / raffinose / Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
CNRSMI フランス
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The plant defense signal galactinol is specifically used as a nutrient by the bacterial pathogenAgrobacterium fabrum.
著者: Meyer, T. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Comte, G. / Vial, L. / Lavire, C. / Morera, S.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
B: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
C: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
D: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,528137
ポリマ－308,2524
非ポリマー7,276133
水21,2401179
1
A: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,65553
ポリマ－77,0631
非ポリマー2,59252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,01038
ポリマ－77,0631
非ポリマー1,94737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,71230
ポリマ－77,0631
非ポリマー1,64929
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Periplasmic alpha-galactoside-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,15116
ポリマ－77,0631
非ポリマー1,08815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)354.300, 74.270, 108.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-731-

CA

-
要素

#1: タンパク質
Periplasmic alpha-galactoside-binding protein / MelB


分子量: 77063.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: SY94_4618 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZM57
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose / raffinose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: raffinose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-2DFrufbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M Mes pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→45.14 Å / Num. obs: 333472 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 2.04→2.17 Å / CC1/2: 0.801 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→45.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 8544 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.175 170869 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7209 Å20 Å21.149 Å2
2--3.5578 Å20 Å2
3----8.2787 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→45.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21085 0 277 1179 22541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0121886HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg129797HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7318SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes581HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3136HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21886HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2737SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24967SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 546 5 %
Rwork0.232 10375 -
all0.233 10921 -
obs--86.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56580.0294-0.10780.5933-0.08080.3740.03230.08590.0349-0.0662-0.01350.07580.0046-0.0635-0.0188-0.2934-0.00770.0101-0.3403-0.0034-0.31135.756713.175372.3689
21.1339-0.1053-0.02860.63590.0420.44870.02850.05270.0552-0.0789-0.06270.0663-0.0526-0.10380.0342-0.23840.0404-0.0145-0.2895-0.0252-0.2675148.616549.987119.9057
31.3755-0.16740.45371.2873-0.10590.86920.05870.0661-0.096-0.1427-0.0446-0.16210.11080.1976-0.0142-0.26220.02730.0087-0.30630.0058-0.235992.9717-26.403462.3847
42.22330.14270.60990.89620.00791.02470.0360.4452-0.1488-0.06370.0993-0.12720.06970.2992-0.1354-0.25770.0507-0.0065-0.0362-0.0624-0.1946106.828910.484711.048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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