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万見
- PDB-6eph: Structure of the epsilon_1 / zeta_1 antitoxin toxin system from N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eph
タイトルStructure of the epsilon_1 / zeta_1 antitoxin toxin system from Neisseria gonorrhoeae in complex with UNAM.
要素
  • Epsilon_1 antitoxin
  • Zeta_1 toxin
キーワードTOXIN / bacterial toxin antitoxin systems / small molecule kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
KfrB domain / KfrB protein / Zeta toxin domain / Zeta toxin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPZ / CITRATE ANION / Epsilon_1 antitoxin / Zeta_1 toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rocker, A. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The ng_ zeta 1 toxin of the gonococcal epsilon/zeta toxin/antitoxin system drains precursors for cell wall synthesis.
著者: Rocker, A. / Peschke, M. / Kittila, T. / Sakson, R. / Brieke, C. / Meinhart, A.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epsilon_1 antitoxin
B: Zeta_1 toxin
C: Epsilon_1 antitoxin
D: Zeta_1 toxin
E: Epsilon_1 antitoxin
F: Zeta_1 toxin
G: Epsilon_1 antitoxin
H: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,95226
ポリマ－207,7048
非ポリマー4,24918
水1,874104
1
A: Epsilon_1 antitoxin
B: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9907
ポリマ－51,9262
非ポリマー1,0645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Epsilon_1 antitoxin
D: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9876
ポリマ－51,9262
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Epsilon_1 antitoxin
F: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9876
ポリマ－51,9262
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Epsilon_1 antitoxin
H: Zeta_1 toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9907
ポリマ－51,9262
非ポリマー1,0645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.290, 148.180, 124.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 60
2115C1 - 60
3115E1 - 60
4115G1 - 60
1125B1 - 401
2125D1 - 401
3125F1 - 401
4125H1 - 401

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999064, -0.041903, 0.010756), (0.042109, -0.998918, 0.019736), (0.009917, 0.020171, 0.999747)44.243629, 116.463921, -1.73288
3given(0.998485, -0.054433, 0.008071), (-0.054168, -0.998077, -0.030128), (0.009695, 0.029646, -0.999513)9.88863, 130.787537, 59.16011
4given(-0.99977, -0.002083, 0.021349), (-0.002975, 0.999119, -0.041854), (-0.021243, -0.041908, -0.998896)34.960079, -7.68869, 63.531219
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999566, -0.023548, 0.017718), (0.02378, -0.999633, 0.012991), (0.017406, 0.013407, 0.999759)42.377701, 116.875557, -0.99669
7given(0.999629, -0.023494, -0.013794), (-0.023918, -0.99922, -0.031428), (-0.013045, 0.031746, -0.999411)7.68128, 130.227081, 59.555641
8given(-0.99987, -0.010316, 0.012376), (-0.010666, 0.999536, -0.028525), (-0.012076, -0.028654, -0.999516)35.688938, -8.34454, 63.223671

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Epsilon_1 antitoxin


分子量: 7190.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5K9E3
#2: タンパク質
Zeta_1 toxin


分子量: 44735.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5K9G7

-
非ポリマー , 4種, 122分子

#3: 化合物
ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸


分子量: 679.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O19P2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate pH 4.5, 1.8 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 75069 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.704 / Rrim(I) all: 0.991 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EPG

6epg


解像度: 2.7→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 14.275 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24545 4064 5.1 %RANDOM
Rwork0.21979 ---
obs0.2212 75069 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0 Å20.05 Å2
2---4.24 Å2-0 Å2
3---5.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14039 0 262 104 14405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01914467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.96419446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8292.98631557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16251779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78124.878695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.768152758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.74715100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.236.5657140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.236.5657139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8129.8468911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8129.8468912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2736.947327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2716.9397325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.00510.25210535
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.35775.35215147
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.35675.35915147
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A309MEDIUM POSITIONAL0.130.5
12C309MEDIUM POSITIONAL0.160.5
13E309MEDIUM POSITIONAL0.140.5
14G309MEDIUM POSITIONAL0.130.5
11A548LOOSE POSITIONAL0.465
12C548LOOSE POSITIONAL0.435
13E548LOOSE POSITIONAL0.535
14G548LOOSE POSITIONAL0.495
11A309MEDIUM THERMAL5.532
12C309MEDIUM THERMAL6.972
13E309MEDIUM THERMAL10.252
14G309MEDIUM THERMAL5.652
11A548LOOSE THERMAL5.9510
12C548LOOSE THERMAL8.1110
13E548LOOSE THERMAL11.5210
14G548LOOSE THERMAL6.510
21B2331MEDIUM POSITIONAL0.210.5
22D2331MEDIUM POSITIONAL0.160.5
23F2331MEDIUM POSITIONAL0.20.5
24H2331MEDIUM POSITIONAL0.190.5
21B3671LOOSE POSITIONAL0.45
22D3671LOOSE POSITIONAL0.355
23F3671LOOSE POSITIONAL0.355
24H3671LOOSE POSITIONAL0.45
21B2331MEDIUM THERMAL5.692
22D2331MEDIUM THERMAL5.642
23F2331MEDIUM THERMAL5.962
24H2331MEDIUM THERMAL5.952
21B3671LOOSE THERMAL5.8310
22D3671LOOSE THERMAL5.710
23F3671LOOSE THERMAL610
24H3671LOOSE THERMAL5.8210
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 292 -
Rwork0.386 5489 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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