PDB-6ep5: Enterococcus faecalis FIC protein in complex with ADP.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ep5

タイトル

Enterococcus faecalis FIC protein in complex with ADP.

要素

Fic family protein

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.928 Å

データ登録者

Veyron, S. / Cherfils, J.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A Ca2+-regulated deAMPylation switch in human and bacterial FIC proteins.
著者: Veyron, S. / Oliva, G. / Rolando, M. / Buchrieser, C. / Peyroche, G. / Cherfils, J.

履歴

登録	2017年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ep5.cif.gz	279.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ep5.ent.gz	224.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ep5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nv5C 5nwfC 6ep0C 6ep2C 6er8C 6erbC 5nuw PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ep2-1 6ep2-2 1g23-2 3ssn-d 1g0r-2 3rvd-1 2pkq-2 1de6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fic family protein

B: Fic family protein

C: Fic family protein

D: Fic family protein

E: Fic family protein

F: Fic family protein

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.836, 87.836, 364.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-527- HOH

#1: タンパク質	Fic family protein 分子量: 24636.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: D350_01176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6S0Y1
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50mM Tris pH 8.0, 100mM NaCl, 5mM ATPgS, 2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→47.3 Å / Num. obs: 108913 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.172 / R_pim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 10.35
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 12.6 % / Num. unique obs: 5168 / CC_1/2: 0.495 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NUW

5nuw
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.928→47.301 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	5426	4.99 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2024	108653	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.928→47.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10018	0	162	962	11142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	14009
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.402	6275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9283-1.9502	0.3628	177	0.3527	3202	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9502-1.9731	0.3749	164	0.3089	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9731-1.9972	0.3564	164	0.2828	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9972-2.0225	0.3092	190	0.268	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0225-2.0491	0.2911	174	0.2599	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0491-2.0772	0.3181	154	0.2561	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0772-2.1068	0.2814	183	0.2433	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1068-2.1383	0.3263	185	0.2489	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1383-2.1717	0.287	177	0.236	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1717-2.2073	0.2765	159	0.2361	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2073-2.2454	0.273	170	0.2298	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2454-2.2862	0.3288	176	0.2561	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2862-2.3302	0.265	172	0.2219	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.3777	0.2667	182	0.2116	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3777-2.4294	0.2983	164	0.222	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4294-2.4859	0.2872	198	0.2181	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4859-2.5481	0.2592	174	0.2027	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5481-2.617	0.2644	183	0.2043	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.694	0.25	178	0.1956	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.694-2.7809	0.2517	169	0.2075	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7809-2.8803	0.233	182	0.2203	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8803-2.9956	0.2671	193	0.213	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9956-3.1319	0.2431	197	0.2077	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1319-3.297	0.2553	164	0.2105	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.297-3.5035	0.2159	173	0.1979	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5035-3.7739	0.2171	183	0.1745	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7739-4.1535	0.1862	211	0.1614	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1535-4.7541	0.1628	223	0.1483	3494	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7541-5.9877	0.2321	189	0.1735	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9877-47.3153	0.2296	218	0.1801	3809	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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