PDB-6ep3: Lar controls the expression of the Listeria monocytogenes agr sys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ep3

タイトル

Lar controls the expression of the Listeria monocytogenes agr system and mediates virulence.

要素

Lmo0651 protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA binding protein / activator

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pinheiro, J. / Lisboa, J. / Carvalho, F. / Carreaux, A. / Santos, N. / Cabral, J. / Sousa, S. / Cabanes, D.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: MouR controls the expression of the Listeria monocytogenes Agr system and mediates virulence.
著者: Pinheiro, J. / Lisboa, J. / Pombinho, R. / Carvalho, F. / Carreaux, A. / Brito, C. / Pontinen, A. / Korkeala, H. / Dos Santos, N.M.S. / Morais-Cabral, J.H. / Sousa, S. / Cabanes, D.

履歴

登録	2017年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ep3.cif.gz	194.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ep3.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ep3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3szt-d 4y17-2 6o6j-d 4a2u-3 6aj4-4 6cbq-d 2gau-1 4byy-d 3v7j-d 1tue-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lmo0651 protein

B: Lmo0651 protein

ヘテロ分子

53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.445, 122.445, 61.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Lmo0651 protein 分子量: 26141.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0651 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y982
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M lithium sulfate, 100 mM sodium Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980065, 0.97915

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.980065	1
2	0.97915	1

反射

解像度: 2.2→43.29 Å / Num. obs: 46113 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1159 / R_pim(I) all: 0.05486 / R_sym value: 0.1285 / Net I/σ(I): 8.62

反射シェル

解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 4603 / CC_1/2: 0.444 / R_pim(I) all: 0.882 / % possible all: 96.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.29 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	2164	4.71 %
R_work	0.2201	-	-
obs	0.2214	45954	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3558	0	89	85	3732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3700
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.562	4971
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.089	2216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2004-2.2516	0.3638	151	0.3845	2813	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2516-2.3079	0.3683	155	0.3591	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3079-2.3703	0.3786	154	0.3325	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3703-2.44	0.3555	138	0.3218	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5188	0.3618	132	0.3235	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5188-2.6088	0.3668	110	0.3049	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6088-2.7132	0.2741	140	0.2728	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7132-2.8367	0.244	160	0.2609	2902	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8367-2.9862	0.2648	159	0.2397	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9862-3.1732	0.2818	155	0.254	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1732-3.4181	0.254	120	0.2317	2974	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4181-3.7619	0.2312	151	0.2043	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7619-4.3059	0.2365	156	0.1894	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3059-5.4233	0.2049	142	0.173	2948	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4233-43.2992	0.2081	141	0.1856	3017	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6527	-0.1488	0.1086	0.2114	0.3064	0.3623	-0.0742	-0.2515	-0.032	-0.0873	0.24	0.2109	0.3475	-0.1347	0.024	0.9282	-0.1263	0.0069	0.4419	0.0228	0.7368	-9.1883	-53.443	6.7306
2	0.4509	-0.0539	-0.0146	0.5609	0.2121	2.1494	-0.0332	0.2208	-0.0195	-0.0708	0.0819	0.0373	-0.0355	0.0123	-0	0.4907	0.0276	0.0205	0.3348	0.0039	0.4147	-2.8115	-25.2857	-3.4774
3	0.3037	-0.1186	0.1423	0.4626	-0.2962	0.2171	0.3172	-0.193	-0.2668	-0.0465	-0.2451	-0.2741	0.3248	0.3532	-0.0046	0.9595	0.1201	0.017	0.4913	0.0135	0.8361	13.2131	-53.9323	17.5317
4	0.0826	0.0704	0.0552	0.0505	0.063	0.0428	-0.1826	0.1513	0.0856	-0.3601	0.6559	0.3848	0.3735	0.1683	0.0028	0.9828	-0.0425	-0.0647	0.4294	0.0011	0.7524	6.0911	-51.0567	10.4048
5	-0.0429	0.0024	0.0204	0.0204	0.0369	0.085	-0.0663	-0.0396	0.3334	-0.49	0.1338	-0.3145	0.3782	0.1047	0.0108	0.8797	0.0434	0.0771	0.5727	0.0409	0.6668	14.15	-44.1357	6.2943
6	0.0449	0.1883	0.1159	0.6143	0.1483	0.5396	-0.0473	-0.1323	0.0701	-0.0432	0.0108	0.0169	-0.046	-0.1446	-0	0.5463	0.0688	0.0132	0.4722	0.0101	0.4504	1.6678	-24.7008	25.037
7	0.0014	-0.0081	0.0704	-0.0038	-0.0551	0.0576	-0.3153	-0.0246	-0.0415	0.4211	0.2482	0.1846	-0.0031	-0.0587	-0	0.6616	0.0193	0.0076	0.4553	0.0108	0.4369	3.3306	-29.3737	27.0562
8	0.2276	0.3008	-0.0414	0.4055	-0.1904	0.5539	0.1037	-0.4665	-0.3354	-0.131	-0.0094	0.0278	0.5057	-0.3287	0.0001	0.5648	-0.0195	-0.0153	0.3748	-0.0019	0.4931	6.8272	-33.219	20.4193
9	0.2101	-0.0098	-0.1061	-0.0399	-0.0899	0.1995	-0.1584	-0.7671	0.6551	0.4189	0.0709	-0.2507	-0.5536	0.1587	0.0118	0.6065	0.0126	0.0337	0.413	-0.1107	0.45	5.4491	-17.5379	31.958
10	-0.0137	0.0054	-0.0042	0.001	0.0886	-0.0138	-0.438	-0.1512	0.293	0.085	0.4156	-0.2851	-0.1515	0.1186	0.0001	0.5765	-0.0324	0.0775	0.4937	-0.061	0.5736	13.7322	-19.3041	21.8959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 217 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 3 through 43 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 44 through 63 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 64 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 77 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 126 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 172 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 173 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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