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- PDB-6ep1: Transthyretin in complex with 5-(4-nitrophenylazo)-3-iodosalicyli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ep1
タイトルTransthyretin in complex with 5-(4-nitrophenylazo)-3-iodosalicylic acid
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Amyloid inhibitor / FAP inhibitor / transthyretin
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(4-nitrophenylazo)-3-iodosalicylic acid / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Leite, J.P. / Gales, L.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Targeting transthyretin in Alzheimer's disease: Drug discovery of small-molecule chaperones as disease-modifying drug candidates for Alzheimer's disease
著者: Leite, J.P. / Gales, L.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0384
ポリマ－25,2122
非ポリマー8262
水2,522140
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0778
ポリマ－50,4244
非ポリマー1,6524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.900, 85.270, 64.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

BQB

21A-201-

BQB

31A-201-

BQB

41A-201-

BQB

51A-201-

BQB

61B-201-

BQB

71B-201-

BQB

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...
21(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSGLYGLY(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA10 - 221 - 13
12PROPROILEILE(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA24 - 2615 - 17
13VALVALILEILE(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA28 - 8419 - 75
14PROPROTYRTYR(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA86 - 11477 - 105
15TYRTYRTHRTHR(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA116 - 118107 - 109
16ALAALAASNASN(chain A and (resid 10 through 22 or resid 24...AA120 - 124111 - 115
21CYSCYSGLYGLY(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB10 - 221 - 13
22PROPROILEILE(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB24 - 2615 - 17
23VALVALILEILE(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB28 - 8419 - 75
24PROPROTYRTYR(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB86 - 11477 - 105
25TYRTYRTHRTHR(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB116 - 118107 - 109
26ALAALAASNASN(chain B and (resid 10 through 22 or resid 24...BB120 - 124111 - 115

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12606.103 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 30-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-BQB / 5-(4-nitrophenylazo)-3-iodosalicylic acid


分子量: 413.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8IN3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: acetate buffer 0.2 M pH 4.8-5.4, ammonium sulfate 1.8-2.2 M, 7% glycerol
PH範囲: 4.8-5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.269→51.487 Å / Num. obs: 61714 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 14.43 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.27-1.345.70.970.486560.4431.0690.9795.1
1.34-1.425.80.6580.583090.2970.7230.65896.4
1.42-1.525.90.440.878880.1960.4830.4496.9
1.52-1.645.80.2551.473890.1140.280.25597.6
1.64-1.795.90.1682.268480.0740.1840.16897.8
1.79-2.015.90.0924.962310.0410.1010.09298.3
2.01-2.3260.0677.656040.030.0730.06799.1
2.32-2.845.90.062848040.0280.0680.06299.6
2.84-4.015.80.054937740.0240.0590.05499.8
4.01-64.595.40.0566.822110.0280.0630.05699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1y1d

1y1d


解像度: 1.3→51.487 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 2920 5.07 %
Rwork0.1593 --
obs0.1608 57564 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.15 Å2 / Biso mean: 21.9076 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→51.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1776 0 44 140 1960
Biso mean--30.7 33.85 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.251662
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A968X-RAY DIFFRACTION8.34TORSIONAL
12B968X-RAY DIFFRACTION8.34TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.32130.25291450.2012518266396
1.3213-1.34410.21771290.19762508263795
1.3441-1.36860.24331370.17612512264996
1.3686-1.39490.20921220.16472537265996
1.3949-1.42340.19251350.15542546268196
1.4234-1.45430.18751270.14692540266796
1.4543-1.48810.1651190.13982579269897
1.4881-1.52540.17011490.13262544269397
1.5254-1.56660.15961540.13152539269397
1.5666-1.61270.16851310.12342601273297
1.6127-1.66480.1511310.1262568269997
1.6648-1.72430.16721500.13452605275598
1.7243-1.79330.19381300.13952584271497
1.7933-1.87490.18511310.13612588271997
1.8749-1.97380.14341580.12742597275598
1.9738-2.09740.16911440.13232657280199
2.0974-2.25940.15961330.13922658279199
2.2594-2.48680.18641390.16292678281799
2.4868-2.84660.18941500.18032687283799
2.8466-3.58630.21181480.170227492897100
3.5863-51.5270.2111580.18592849300799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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