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- PDB-6ep0: Enterococcus faecalis FIC protein in complex with AMP and calcium ion. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ep0
タイトルEnterococcus faecalis FIC protein in complex with AMP and calcium ion.
要素Fic family protein
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Fic family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Veyron, S. / Cherfils, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
DIM Malinf フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A Ca2+-regulated deAMPylation switch in human and bacterial FIC proteins.
著者: Veyron, S. / Oliva, G. / Rolando, M. / Buchrieser, C. / Peyroche, G. / Cherfils, J.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / struct
Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fic family protein
B: Fic family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,27812
ポリマ－49,2722
非ポリマー1,00610
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.975, 64.975, 246.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fic family protein


分子量: 24636.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: D350_01176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6S0Y1
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM Tris pH 8.0, 100mM NaCl, 5mM AMP, 0.2M Calcium Chloride, 0.1M HEPES sodium salt pH 7.5, 28% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→82.08 Å / Num. obs: 23042 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 62.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 1.146 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3273 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NUW

5nuw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.35→62.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.347 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1132 4.93 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 22951 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7147 Å20 Å20 Å2
2---5.7147 Å20 Å2
3---11.4294 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→62.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 54 130 3518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013454HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084659HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1281SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes106HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes508HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3454HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion437SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4158SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 123 4.64 %
Rwork0.2468 2530 -
all0.249 2653 -
obs--97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5263-0.22311.2650.6856-0.16363.39090.0404-0.3387-0.1406-0.02690.0738-0.1180.0041-0.2617-0.1142-0.1414-0.0286-0.01390.00670.0666-0.0448-10.236928.917511.0845
22.1243-0.1567-0.31250.9462-0.04921.5562-0.0938-0.5442-0.123-0.00660.09940.13130.10360.3542-0.0056-0.19980.0178-0.01170.25090.0091-0.1526-36.012736.640723.6857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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