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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eos | ||||||
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タイトル | DPP8 - Apo, space group 19 | ||||||
![]() | Dipeptidyl peptidase 8 | ||||||
![]() | HYDROLASE / DPP8 | ||||||
機能・相同性 | ![]() dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / immune response / apoptotic process / proteolysis / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ross, B.R. / Huber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures and mechanism of dipeptidyl peptidases 8 and 9, important players in cellular homeostasis and cancer. 著者: Ross, B. / Krapp, S. / Augustin, M. / Kierfersauer, R. / Arciniega, M. / Geiss-Friedlander, R. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 969.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 797.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 152.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 207.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103483.352 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6V1X1, dipeptidyl-peptidase IV #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.16 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na Citrate 0.46M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99996 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→44.4 Å / Num. obs: 191919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.36 % / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.3 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 32519 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ORV 解像度: 3.1→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 27.745 / SU ML: 0.435 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.045 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.625 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.1→44.4 Å
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拘束条件 |
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